这种情况下,由SAM文件生成的gff文件就丢失了外显子信息,并生成错误的外显子边界。这个问题github上也有人询问过,李恒大神表示20bp以下的微外显子很难判断Documentation: Limitations "small exons" · Issue #948 · lh3/minimap2 (http://github.com)。既然minimap2不行,那其他软件行不行?能做三代转录组比对...
这种情况下,由SAM文件生成的gff文件就丢失了外显子信息,并生成错误的外显子边界。这个问题github上也有人询问过,李恒大神表示20bp以下的微外显子很难判断Documentation: Limitations "small exons" · Issue #948 · lh3/minimap2 (github.com)。既然minimap2不行,那其他软件行不行?能做三代转录组比对的软件除了...
这种情况下,由SAM文件生成的gff文件就丢失了外显子信息,并生成错误的外显子边界。这个问题github上也有人询问过,李恒大神表示20bp以下的微外显子很难判断Documentation: Limitations "small exons" · Issue #948 · lh3/minimap2 (github.com)。 既然minimap2不行,那其他软件行不行?能做三代转录组比对的软件除...
这种情况下,由SAM文件生成的gff文件就丢失了外显子信息,并生成错误的外显子边界。这个问题github上也有人询问过,李恒大神表示20bp以下的微外显子很难判断Documentation: Limitations "small exons" · Issue #948 · lh3/minimap2 (github.com)。既然minimap2不行,那其他软件行不行?能做三代转录组比对的软件除了...
目前三代转录组数据分析流程中,pacbio官方发布的工具包PacificBiosciences/pbbioconda: PacBio Secondary Analysis Tools on Bioconda (github.com)最为全面。 1.从sureads生成ccs序列 这里就遇到了第一个小坑,要质量还是要数量?官方把高质量的ccs序列称为HiFi序列,生成HiFi序列要求多次pass的subreads,按照早期版本软件...
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