find /apps/svr/gromacs/gmx2020 -name forcefield.itp 后面是moleculetype,这个也很重要 [ moleculetype ] “Protein_A”定义了分子名称(这个蛋白质在PDB文件中被标定为A链) nrexcl为3,nrexcl=n:表示不计算≤n个键相连原子间非键作用(这里是3个键以内的原子不算非键相互作用) 检查top文件的原子定义部分 接下...
水分子(H2O),其itp文件中包含如下行[moleculetype]; name nrexclSOL1这里,nrexcl = 1表示只排除直接相连的原子对,即H-O-H之间的相互作用。因此,对于水分子,nrexcl = 1意味着O-H键之间的非键相互作用将被排除,但H-H之间仍会被计算。但是对于一般的有机小分子来说,这里的nrexcl的值为3,即代表排除不远于...
要注意,在拓扑文件中的[ moleculetype ]段中,nrexcl决定了相隔多少个键以内不计算非键相互作用,例如nrexcl=3时,与某个原子相隔5个及以内的原子间都不计算非键作用。一般为3,即表明直接bonded的两个原子、构成angle项两端的两个原子,以及构成二面角项两端的两个原子都不计算非键作用。
c1 c1 0.00000 0.00000 A 2.8e-01 2.24e-01 ; [ moleculetype ] ;name nrexcl COO 3 [ atoms ] ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; 1 o 1 COO O 1 -0.35 16.00000 ; 2 o 1 COO O1 2 -0.35 16.00000 ; 3 c1 1 COO C 3 0.7 12.01000 ; ; [ bonds ] ; ; ai aj funct r ...
要注意,在拓扑文件中的[ moleculetype ]段中,nrexcl决定了相隔多少个键以内不计算非键相互作用,例如nrexcl=5时,与某个原子相隔5个及以内的原子间都不计算非键作用,苯分子若设nrexcl=5,则导致完全不计算原子间的非键作用。 1-4作用: 1-4作用项虽然看起来也属于非键作用,常被称为1-4非键作用,但gromacs对...
[ moleculetype ]; molname nrexclSOL 2 [ atoms ]; id at type res nr res name at name cg nr charge mass1 OW_opc 1 SOL OW 1 0 16.000002 HW_opc 1 SOL HW 1 0.67914 1.008003 HW_opc 1 SOL HW 1 0.67914 1.008004 MW 1 SOL MW 1 -1.35828 0.00000 ...
（itp文件中moleculetype确实可以忽略相互作用，nrexcl项只能控制相隔几个键之内的原子，但是碳纳米管中C...
一般被键连的原子间都不计算相互作用(在[ moleculetype ]里定义nrexcl来控制相隔几个键内的原子间不计算相互作用,也就是相当于被列进[ exclusions ]),比如type 1时一般就不计算这两个原子间的非键作用了,而type 2时仍然计算。 用哪种约束算法用.mdp里的constraint_algorithm设定,默认lincs。.mdp里的比如...
[ moleculetype ] ; Name nrexcl Protein_chain_A 3 #include语句的位置很关键-它必须出现在任何[Moleculartype]条目之前,因为必须在构造任何分子之前定义所有参数。 它也必须出现在父力场的#include语句之后,因为必须引入所有原子类型,然后才能引入利用它们的键合参数。
[ moleculetype ];name nrexcl W2A 3 [ atoms ]; nr type resi res atom cgnr...