老师，我使用gromacs进行添加离子的操作时系统报错： No such moleculetype SOL。我使用sobtop进行了.top....
Gromacs报错:No such moleculetype SOL没有如此类型的分子引用力场 4992 1 18:41 App 分子动力学软件gromacs官方教程-自由能计算Free Energy Calculations 452 0 00:23 App 从原子尺度模拟水沸腾蒸发 419 0 03:13 App gromacs报错:坐标和拓扑分子数不匹配number of coordinates does not match topology 2005 0 ...
要确保在运行完genbox和genion后,topol.top文件得到了更新,否则你将得到错误信息。(注:运行报错 “No such moleculetype CL”,将topol.top文件和solv_ions.gro文件中[ molecules ]部分下的CL改为CLA) 现在可以执行能量最小化了: gmx mdrun-v-deffnm em 整个体系的能量较快地收敛: Steepest Descents converged t...
最小化和npt操作被报错,似乎前面再说我的mdp脚本只适用4.6以前版本的? 再有的话,想问问各位大佬,No such moleculetype SOL这个问题应该怎么解决。 其中我加水的操作步为:gmx_mpi solvate -cp conf2.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o conf3.gro 请问这两个问题该怎么解决?十分感谢 图片1.jpg 图片2....
Fatal error: No such moleculetype XXX Each type of molecule in your[ molecules ]section of your .top file must have a corresponding[ moleculetype ]section defined previously, either in the .top file or an included .itp file. See GROMACS Manual section 5.6.1 for the syntax description. Your...
Number_of_coordinates_in_coordinate_file_does_not_match_topology Number of coordinates in coordinate file does not match topology 3.6. HYPERLINK /Documentation/Errors \l Fatal_error.3a_No_such_moleculetype_XXX Fatal error: No such moleculetype XXX 3.7. HYPERLINK /Documentation/Errors \l T-Coupling...
52、sions of GROMACS, but have bee n sta ndardized as of vers ion 4.5.The specified atom names are always the elementalsymbol in all capital letters,along with the moleculetype . Residue n ames may or may not appe nd the sig n ofthe charge (+/-). Refer to ions.itp for proper nom...
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[ moleculetype ] ; molname nrexcl SOL 2 [ atoms ] ; id at type res nr residu name at name cg nr charge 1 OW 1 SOL OW 1 -0.6 2 HW 1 SOL HW1 1 0.3 3 HW 1 SOL HW2 1 0.3 [ bonds ] ; i j funct length force.c. 1 2 1 0.9572 5024.0 1 3 1 0.9572 5024.0 [ angles ]...
gromacs文件介绍and一些杂知识.doc,(1)gromacs(GMX) 各种文件格式详细,可以查阅GROMACS 手册第5章第6小节,以下为简要介绍。 CPT文件:该文件为模拟断点文件(check point,.cpt)。该文件为模拟过程固定时间间隔产生,保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件