2. 使用make_ndx命令,编写index索引文件,如下: gmx make_ndx -f TCL_box.gro -o index.ndx 3. 对体系进行能量最小化,并运行能量最小化 gmx grompp -f em.mdp -c TCL_box.gro -p top_TCL.top -o em.tpr gmx mdrun -v -deffnm em 能量最小化的mdp文件内容如下,coulombtype此处采用Cut-off ; ...
Gromacs的索引文件，即index文件Gromacs的索引文件，即index文件，由make_ndx程序生成，文件后缀为.ndx。索引文件是gromacs最重要的概念文件，使用它可以在模拟过程中为所欲为。举一个简单的例子，比如想详细了解HIV整合酶切割DNA的反应机理，使用量子力学模拟反应位点的反应过程，而分子其他部位使用一般分子动力学模拟。于...
echo 15 | gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname SOD -nname CLA -neutral -conc 0.15 gmx make_ndx -f solv_ions.gro -o index.ndx # SOLU SOLV (7)将(5)中的参数加到topol.top文件末尾。 准备em,nvt,npt和prod的mdp文件 em.mdp ;=== ; Energy minimization ;=...
gmx make_ndx -f em.tpr -o index.ndx (-n是旧的索引文件）可以直接手动修改(用tpr文件：t HA...
进行MD拉伸模拟，命令为: gmx_mpi make_ndx -f nvt.gro。进行MD拉伸模拟，命令为: gmx grompp -f md_pull.mdp -c npt.gro -p topol.top -r npt.gro -n index.ndx -t npt.cpt -o pull.tpr。运行MD拉伸模拟，命令为: gmx mdrun -v -deffnm pull -pf pullf.xvg -px pullx.xvg。...
Gromacs命令锦集Gromacs命令锦集.doc,目录 1、make_ndx 2 2、g_traj 3 3、g_energy另外一种用法 3 4、pdb2gmx 3 5、genion 5 6、editconf 6 7、g_rama 6 8、g_cluster 7 9、genbox 7 1、make_ndx Gromacs的索引文件,即index文件,由make_ndx程序生成,文件后缀为.ndx。 索
gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx > 1 | 13 > q 创建包含蛋白质和配体的组 NVT平衡 创建nvt.mdp文件,将以下部分复制入文件中: title=Protein-ligand complex NVT equilibration define=-DPOSRES;position restrain the proteinandligand;Run parameters ...
Gromacs命令锦集.doc,目录 1、make_ndx 2 2、g_traj 3 3、g_energy另外一种用法 3 4、pdb2gmx 3 5、genion 5 6、editconf 6 7、g_rama 6 8、g_cluster 7 9、genbox 7 1、make_ndx Gromacs的索引文件,即index文件,由make_ndx程序生成,文件后缀为.ndx。 索引文件是gromacs
gmx make_ndx -f input.gro -o index.ndx 此命令将打开一个交互式Shell界面,提示你选择原子组。你可以选择包含需要重叠的原子的原子组。你还可以根据需要创建其他原子组或选择特定的原子。 3.选择用于重叠的原子组。你可以使用"r"命令选择整个残基或使用"a"命令选择全部原子。你可以使用"q"命令退出选择模式。
你的.ndx是怎么生成的呀？ 先用make_ndx通过.gro文件生成.ndx,然后再用g_rms 命令后加上-n *....