2. 使用make_ndx命令,编写index索引文件,如下: gmx make_ndx -f TCL_box.gro -o index.ndx 3. 对体系进行能量最小化,并运行能量最小化 gmx grompp -f em.mdp -c TCL_box.gro -p top_TCL.top -o em.tpr gmx mdrun -v -deffnm em 能量最小化的mdp文件内容如下,coulombtype此处采用Cut-off ; ...
1.让我们计算一下所谓的径向分布函数. 首先, 我们需要创建一个索引文件(index.ndx): #以甲烷中的C原子代表整个分子 $ gmx make_ndx -f conf.gro > a C > q 2.计算甲烷-甲烷之间径向分布函数 $ gmx rdf -f prd.xtc -n index.ndx 然后选择 Group 6 “C” 两次,即选择两次6,Ctrl+d 计算生成rdf...
Gromacs的索引文件，即index文件Gromacs的索引文件，即index文件，由make_ndx程序生成，文件后缀为.ndx。索引文件是gromacs最重要的概念文件，使用它可以在模拟过程中为所欲为。举一个简单的例子，比如想详细了解HIV整合酶切割DNA的反应机理，使用量子力学模拟反应位点的反应过程，而分子其他部位使用一般分子动力学模拟。于...
GROMACS的索引文件, 即index文件, 扩展名为.ndx, 可使用gmx make_ndx程序生成. 索引文件中, 原子编号都是从1开始的. 运行make_ndx后, 可使用r选择残基, a选择原子, name对多组进行改名, 还可以使用|表示或运算, &表示与运算. 如: ·r 10: 选择10号残基 ·r 1-10: 选择1至10号残基 对make_ndx的选...
gmx make_ndx -f em.tpr -o index.ndx (-n是旧的索引文件）可以直接手动修改(用tpr文件：t HA...
Gromacs命令锦集Gromacs命令锦集.doc,目录 1、make_ndx 2 2、g_traj 3 3、g_energy另外一种用法 3 4、pdb2gmx 3 5、genion 5 6、editconf 6 7、g_rama 6 8、g_cluster 7 9、genbox 7 1、make_ndx Gromacs的索引文件,即index文件,由make_ndx程序生成,文件后缀为.ndx。 索
Gromacs命令锦集.doc,目录 1、make_ndx 2 2、g_traj 3 3、g_energy另外一种用法 3 4、pdb2gmx 3 5、genion 5 6、editconf 6 7、g_rama 6 8、g_cluster 7 9、genbox 7 1、make_ndx Gromacs的索引文件,即index文件,由make_ndx程序生成,文件后缀为.ndx。 索引文件是gromacs
gmx make_ndx -f input.gro -o index.ndx 此命令将打开一个交互式Shell界面,提示你选择原子组。你可以选择包含需要重叠的原子的原子组。你还可以根据需要创建其他原子组或选择特定的原子。 3.选择用于重叠的原子组。你可以使用"r"命令选择整个残基或使用"a"命令选择全部原子。你可以使用"q"命令退出选择模式。
在计算gromacs过程中,我算完后处理想知道两个残基之间的距离如何变化,但是输入g_dist命令后,提示我没有index文件!如何生成这个文件啊,请高手指点迷津!谢了啊 确实是先用make_ndx命令生成indexfile,然后用g_dist命令,真的感谢大家感谢小木虫! [search]gromacs[/search] [ Last edited by zhlrui on 2008-6-19 at...
利用蛋白配体的index文件从主体模拟结果的tpr文件中抽提出蛋白配体的tpr文件 利用蛋白配体的tpr文件rerun蛋白配体的轨迹文件得到蛋白配体的能量数据edr文件 从蛋白配体的edr文件中抽提出蛋白配体的相关能量项数据 上述步骤抽提得到的是蛋白配体总体的能量,包含蛋白的能量、配体的能量以及蛋白配体之间的相互作用能,因而我们还...