make_ndx建立索引组供grompp程序调用。 在本例中,我们有一个三螺旋的胶原蛋白结构文件,进行位置限制动力学模拟,我们想固定N端和C端来进行模拟。首先,确定结构文件(clg_b4md.pdb)的N端和C端残基号。用如下简单命令: make_ndx –f clg_b4md.pdb –o clg_ter.ndx 你将看到如下输出信息(我们省略了开头的一些...
gmx make_ndx -f input.gro -o index.ndx 此命令将打开一个交互式Shell界面,提示你选择原子组。你可以选择包含需要重叠的原子的原子组。你还可以根据需要创建其他原子组或选择特定的原子。 3.选择用于重叠的原子组。你可以使用"r"命令选择整个残基或使用"a"命令选择全部原子。你可以使用"q"命令退出选择模式。
pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions in all 3 dimensions (5)生成索引index.ndx文件。 echo q | gmx make_ndx -f solv_ions.gro -o index.ndx (6)建模完成之后会生成solv_ions.gro(用于模拟的坐标信息gro文件),topol.top,posre.itp(位置限制文件),index.ndx。这几个文件是后续模拟必须文件。这里强...
gromacs命令测试1-gmx make_ndx建立索引 关于大家对理论基础的不感兴趣 以及只想关心软件操作命令 那么后期有时间会将软件操作命令陆续测试发出 如有愿意也可一同参加 整理内容看参与者心情 希望大家帮忙转发及分享 后续该资料加微信并转发领取 资料都是免费的...
📑 确保gro文件与top文件一致后,使用make_ndx命令为complex.gro生成索引文件。通常,将所有脂质分为一组,水和离子作为一组,蛋白/配体作为一组,以便后续预平衡过程中的温度/压力耦合。🔧 对所有mdp模拟文件中的组名进行相应修改后,首先进行能量最小化步骤,以防止体系崩溃。具体的mdp文件设置可以参考charmm-gui,...
通常用make_ndx建立索引组供grompp程序调用。 在本例中,我们有一个三螺旋的胶原蛋白结构文件,进行位置限制动力学模拟,我们想固定N 端和 C端来进行模拟。首先,确定结构文件(clg_b4md.pdb )的 N端和 C端残基号。用如下简单命令: make_ndx f clg_b4md.p 25、db o clg_ter.ndx你将看到如下输出信息(我们...
自然,“Non-Protein”组包含JZ4。由于JZ4和蛋白在物理上连接十分紧密,最好将它们考虑成一个整体。同样地,我们添加的氯离子也可以和溶剂考虑在一起。为了实现上述想法,我们需要创建一个组将蛋白和JZ4放在一起。使用make_ndx模块,用包含完整体系的任何坐标文件,如em.gro(能量最小化后的体系结构):...
Gromacs的索引文件，即index文件Gromacs的索引文件，即index文件，由make_ndx程序生成，文件后缀为.ndx。索引文件是gromacs最重要的概念文件，使用它可以在模拟过程中为所欲为。举一个简单的例子，比如想详细了解HIV整合酶切割DNA的反应机理，使用量子力学模拟反应位点的反应过程，而分子其他部位使用一般分子动力学模拟。于...
NDX文件:原子索引文件(.ndx)。该文件含原子的序号,当使用make_ndx程序生成索引文件时,可以定义不同的原子组,每组名下即是该组所含各个原子的序号。 PDB文件:分子坐标文件(.pdb)。 RTP文件:残基力场参数文件(.rtp)。该文件包含常见残基的力场信息,包括残基所含原子,成键种类等。使用pdb2gmx处理PDB文件时,程序按...
原子索引文件(.ndx)。该文件含原子的序号,当使用make_ndx程序生成索引文件时,可以定义不同的原子组,每组名下即是该组所含各个原子的序号。 参数文件 MDP文件 GROMACS的模拟参数文件(.mdp)。该文件包含关于分子动力学模拟的全部信息。例如,时间步长,步数,温度,压力等等。操作这样一个文件最容易的方法是修改一个简单...