make_ndx建立索引组供grompp程序调用。 在本例中,我们有一个三螺旋的胶原蛋白结构文件,进行位置限制动力学模拟,我们想固定N端和C端来进行模拟。首先,确定结构文件(clg_b4md.pdb)的N端和C端残基号。用如下简单命令: make_ndx –f clg_b4md.pdb –o clg_ter.ndx 你将看到如下输出信息(我们省略了开头的一些...
GROMACS的索引文件, 即index文件, 扩展名为.ndx, 可使用gmx make_ndx程序生成. 索引文件中, 原子编号都是从1开始的. 运行make_ndx后, 可使用r选择残基, a选择原子, name对多组进行改名, 还可以使用|表示或运算, &表示与运算. 如: r 10: 选择10号残基 r 1-10: 选择1至10号残基 对make_ndx的选择,...
创建索引组的命令:gmx make_ndx GROMACS的索引文件, 即index文件, 扩展名为.ndx, 可使用gmx make_ndx程序生成. 索引文件中, 原子编号都是从1开始的. 运行make_ndx后, 可使用r选择残基, a选择原子, name对多组进行改名, 还可以使用|表示或运算, &表示与运算. 如: ·r 10: 选择10号残基 ·r 1-10: ...
索引文件使用make_ndx命令产生,"make_ndx -h"可以看到全部的参数。运行make_ndx后,可以使用" r "命令选择残基," a "命令选择原子," name命令多组进行改名。可以使用" | "表示或运算," & "表示与运算。下面是几个简单的例子: --- 1.选择56号残基 r 56 2.选择3至45号残基 r 3-45 3.选择3至15,...
^_^索引文件使用make_ndx命令产生，"make_ndx-h"可以看到全部的参数。运行make_ndx后，可以使用"r"命令选择残基，"a"命令选择原子，"name命令多组进行改名。可以使用"|"表示或运算，"&"表示与运算。下面是几个简单的例子：---1.选择56号残基 r56 2.选择3至45号残基 r3-45 3.选择3至15，23至67号残基 ...
计算步骤：第一：使用GROMACS生成grid.cube文件 使用gmx make_ndx创建两个组, 一个包含中心分子, 一个包含要统计SDF的原子我试过两种方案，一种是以一个表活剂作为中心分子建一个group，以中心分子头基附近的水建一个group，用这两个group计算SDF；另一种是以所有表活剂作为中心分子建一个group，以体系中所有水...
通常用make_ndx建立索引组供grompp程序调用。 在本例中,我们有一个三螺旋的胶原蛋白结构文件,进行位置限制动力学模拟,我们想固定N 端和 C端来进行模拟。首先,确定结构文件(clg_b4md.pdb )的 N端和 C端残基号。用如下简单命令: make_ndx f clg_b4md.p 25、db o clg_ter.ndx你将看到如下输出信息(我们...
运行make_ndx后,可以使用 r 命令选择残基, a 命令选择原子, name 命令多组进行改名。可以使用 | 表示或运算, 表示与运算。下面是几个简单的例子: --- 1.选择56号残基 r 56 2.选择3至45号残基 r 3-45 3.选择3至15,23至67号残基 r 3-15 | r 23-67 4.选择3至15号残基的主干链原子 r 3-15 ...
行make_ndx 后,可以使用" r "命令选择残基," a "命令选择原子," name 命 令多组进行改名。可以使用" | "表示或运算," & "表示与运算。下面是几个简 单的例子: --- 1.选择56 号残基 r 56 2.选择3 至45 号残基 r 3-45 3.选择3 至15,23 至67 号残基...
运行make_ndx后,可以使用 r 命令选择残基, a 命令选择原子, name 命令多组进行改名。可以使用 | 表示或运算, 表示与运算。下面是几个简单的例子: --- 1.选择56号残基 r 56 2.选择3至45号残基 r 3-45 3.选择3至15,23至67号残基 r 3-15 | r 23-67 4.选择3至15号残基的主干链原子 r 3-15 ...