define = -DFLEXIBLE ; 预定义。默认无预定义。可以使用预定义方法控制模拟进程。 -DFLEXIBLE 会告诉grompp,采用柔性的水代替刚性水到拓扑结构,这对于共轭梯度或采用柔性的水代替刚性水到拓扑结构,这对于共轭梯度或l-bfgs是必要的,而且可以使最陡下降法效果更好。 -DPOSRES 会告诉grompp 包括posre.itp 到拓扑结构,...
能量最小化参数mdp文件夹│ │ ├── em_l-bfgs.mdp :第1次能量最小化参数mdp文件│ │ ├── em_steep.mdp :第2次能量最小化参数mdp文件│ │ └── write_mdp.sh : 用法:./write_mdp.sh em_l-bfgs │ ├── NVT :等温等容预平衡参数mdp文件夹│ │ ├── nvt.mdp :等温等容预平衡...
尝试用双精度版本LBFGS方法做em以及正则模式分析。如果也有问题，而所有三点水模型都没问题，估计是gmx在...
include = ; 待引用文件的路径, 可多项;例: -I/home/joe/joy -I/home/tom/tim -IC:/GMX/topdefine = ; 预定义, 默认无, 可多项, 区分大小写; -DPOSRES: 使用位置限制文件进行位置限制动力学模拟; -DFLEXIBLE: 启用柔性水, steep效果更好, cg或l-bfgs必须开启integrator = md ; 积分方法, md: ...
define =-DFLEXIBLE ；预定义。默认无预定义。可以使用预定义方法控制模拟进程。； -DFLEXIBLE 会告诉grompp ，采用柔性的水代替刚性水到拓扑结构，这对于共轭梯度 或l-bfgs是必要的，而且可以使最陡下降法效果更好。； -DPOSRES 会告诉grompp包括posre.itp到拓扑结构，用于位置限制动力学模拟。；模拟控制...
grompp_2_md.edrB，放开所有原子，采用l-bfgs算法，进行3000步的能量最小化。观察能量最小化输出文件mdout.mdp最后部分能量的情况，若能量很高，则继续A/B步骤，直至能量降低。•修改.mdp文件。grompp-fem2.mdp-c1YPU_grompp_2_md.gro-p1YPU.top-o1YPU_grompp_B.tprmdrun-v-s1YPU_grompp_B.tpr-o1YPU_...
;l-bfgs:根据low-memoryBroyden-Fletcher-Goldfarb-Shannoapproach进行的准牛顿算法能 量优化。实际中似乎比cg收敛更快,但由于必须进行纠正步骤,还没有实现并行。 ;nm:对tpr文件中的系统结构进行常态分析。GROMACS必须为双精度。 ;tpi:插入测试粒子(Testparticleinsertion)。拓扑结构的最后一个原子为测试粒子。
我用gromacs模拟三个粒子，三个粒子分别为L，G，S。.gro文件如下：（三个粒子位于10纳米的真空盒子里...
-pn/-nn 指定正负金属离子的名字,比如 NA+ 或者 CL- grompp -f em1.mdp -c protein_ion.gro -p 1YPU.top -o 1YPU_grompp_2.tpr mdrun -s 1YPU_grompp_2.tpr -o 1YPU_grompp_2_md.trr -c 1YPU_grompp_2_md.gro -e 1YPU_grompp_2_md.edr B,放开所有原子,采用l-bfgs算法,进行3000步的...
; -DFLEXIBLE 会告诉grompp ,采用柔性的水代替刚性水到拓扑结构,这对于共轭梯度 或l-bfgs是必要的,而且可以使最陡下降法效果更好。 ; -DPOSRES 会告诉grompp包括posre.itp到拓扑结构,用于位置限制动力学模拟。 ;模拟控制 integrator = md ; 动力学模拟方法,即整合牛顿力学定理的方法,根据模拟目的不同选 择不同...