Gromacs是一种功能强大的分子动力学模拟软件,主要用于研究生物分子和材料的结构、动力学和相互作用。其中,拉伸动力学是一种广泛应用于研究生物分子结构和功能的实验技术。通过拉伸蛋白分子,可以研究其结构中的弹性性质,如可变形性、稳定性和抗拉伸性能。Gromacs支持各种拉伸动力学技术,如拉伸距离控制、力控制、速度控制等...
总结:本文介绍了如何在GROMACS中使用CHARMM36-222力场进行分子动力学模拟,重点讨论了mdp文件在拉伸模拟中的配置。MDP文件是GROMACS的核心配置,包含了温度控制、压力控制、时间步长等关键参数。 CHARMM36是一个著名的生物力场,适用于多种分子的模拟,尤其适合研究生物大分子的力学特性。 拉伸模拟通过GROMACS的pull模块进行,...
各位老师，我现在在用gromacs做拉伸分子动力学，用的方法是伞状采样的方法，实验室突然断电，或者要关机器...
四:MD模拟简单流程 6 能量优化、分子动力学模拟 6.1 能量优化意义以及方法 6.2 运行分子动力学模拟 6.3 基础分析脚本,例如:能量平衡,RMSD,RMSF,氢键分析,SASA,回转半径等。 6.4 输出内容解读 6.5针对当天内容练习答疑 五:拉伸动力学 7 恒速/恒力拉伸动力学 7.1设置固定原子,拉力方向 7.2修改conf文件 7.3运行SMD模拟...
随着分子动力学方法的发展，由此衍生出的诸如膜蛋白分子动力学，拉伸分子动力学 （SMD），副本交换分子...
2923 0 08:57 App 分子动力学gromacs完整操作步骤 1.7万 4 25:51 App 分子动力学模拟及应用(上) 2.6万 148 03:21 App [Materials Studio] Forcite分子动力学 经典算例 3.1万 84 01:16:33 App 聚合物的LAMMPS分子动力学教学:建模+软势+退火+MSD扩散系数+压缩拉伸力学性能+链取向分析(Materials Studio、Cha...
代算Gromacs分子动力学。蛋白配体。随机加速分子动力学。伞形采样 代算基础酶学研究常见分子动力学模拟,包括常规蛋白,常规蛋白-配体(最多支持双配体),随机加速分子动力学,伞形采样。可用于稳定性分析,结合能和解离能计算,产物释放通道预测。结果支持提供轨迹动画等多种形式。三台电脑可供计算,50 ns蛋白-双配体平均12...
在用gromacs做拉伸动力学的时候，在执行命令grompp_mpi -f pull.mdp -c npt.gro -p topol.top -n...
GROMACS是使用最广泛的HPC应用程序之一,它是一款分子动力学应用程序,旨在模拟包含数百到数百万个粒子的系统的牛顿运动方程。GROMACS 设计用于模拟具有大量复杂键合相互作用的生物化学分子,例如蛋白、脂类和核酸。与仅使用 CPU 的系统相比,GROMACS 在使用 NVIDIA GPU 加速的系统上的运行速度最高可提升 3 倍,从而使用户运...
对于GROMACS,建立有机分子/聚合物的输入文件是非常简单的,所以可以采用GROMACS来计算有机分子/聚合物的拉伸/剪切/压缩情况。目前,GROMACS只支持deform方式对模拟盒子进行形变。具体计算流程如下:1)建立有机分子/聚合物模型,使用NPT系综在目标温度和压强下充分弛豫(这一步是做形变之前必须的)2)在mdp文件里面添加或者修改...