grompp –f em.mdp –c fws_b4em.pdb –p fws.top –o fws_em.tpr -f标签指定输入参数文件(*.mdp)。 -c输入结构文件(pdb文件,*.pdb); -p输入拓扑文件 -o输出mdrun的输入文件(*.tpr)。 7.使用genion和tpr文件添加离子 对生成的tpr文件加入补偿离子以中和系统中的净电荷。我们的模型中有+ 2.00静电,...
gmx pdb2gmx -ff amber99sb-ildn -f *.pdb -o *.gro -p *.top -water tip3p -ff 选项,制定要使用的力场; -f选项,制定输入的PDB文件; -o选项,制定生成的gro文件名 -p选项,制定要生成的拓扑文件名 -water选项,制定要使用的水分子模型 注意,除了生成*.gro文件和*.top文件之外,还会生成一个posre.i...
grompp -f [.mdp文件] -c [上一步模拟最后的系统坐标文件] -p [拓扑文件] -t [上一步的trr轨迹文件] -e [上一步能量文件] -time [坐标文件对应的模拟时间] -o [输出tpr文件] -np [CPU数目] 提取上一步模拟系统的速度时使用trr文件,是因为xtc为单精度,没有trr文件精确。” -time “参数告诉grompp...
gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 这时产生了.tpr结尾的文件，该文件提供了体系的原子级别描述，还包含了模拟参数说明。第二步就是使用genion模块添加抗衡离子，将一些溶剂水分子替换为离子，输入以下命令：gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol....
4、cs基本模拟流程1 下载pdb文件1OMB.pdb (/pdb/) 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件pdb2gmx ignh ff G43a1 f 1OMB.pdb o fws.pdb p fws.top water spce pdb2gmx 此命令将pdb文件转换成gromacs文件并产生拓扑文件。-ignh 因为本pdb文件是由 NMR产生的,含有氢原子,因此用-ignh选项忽略文件中的氢原子。-...
(1)gmx pdb2gmx(从库里下载的pdb文件转成gromacs的坐标):-f(输入pdb文件)-o(输出gro文件)-p(输出top文件)-i(输出itp文件)-n(输出ndx)-ignh(舍弃H,系统会自动加上)-ter(肽链两端质子化戴帽子) (2)gmx editconf(建一个盒子,放分子):-f(输入gro文件)-bt(盒子类型,默认立方)-box(x y z 盒子长度)...
gmxinsert-molecules插入输入文件中-nmol指定的系统的副本-ci。插入发生在给出的溶质构象的空白空间中-f,或者发生在给出的空盒中-box。同时指定-f和的-box行为类似于-f,但是在插入之前在溶质周围放置一个新框。存在的任何速度都将被丢弃。 也可以插入溶剂化构型并用插入的原子代替溶剂原子。为此,用于-replace指定...
-f标签指定输入参数文件(*.mdp )。 -c输入结构文件(pdb文件,*.pdb); -p输入拓扑文件 -o输出mdrun的输入文件(*.tpr )。 7 使用 genion 和tpr文件添加离子 对生成的 tpr文件加入补偿离子以中和系统中的净电荷。我们的模型中有+ 2.00静电,因此加入两个氯离子。将fws_em.tpr 文件拷贝到“ionwet ”子目录,...
editconf -f sen.gro -o sen.pdb 7 rama图的标准分布,是统计很多天然蛋白质结构残基的psi和phi二面角而绘制的,集中分布在几个角度范围的区域,物质都具有自发朝向能量最低的方向变化的特点,自然界的蛋白也是,所以在rama标准分布图中,统计分布密集的区域,是蛋白能量低、稳定的构象,在这些区域中,残基间的侧链彼此间...
gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce -ignh 其中“-f”指定坐标文件;“-o”输出文件;“-water”指定使用的水模型,本例中使用SPC/E模型的水;“-ignh”设置忽略PDB文件中的氢原子。 此时会出现选择力场选择的提示,如下: 1: AMBER03 protein, nucleic AMBER94 (Duan et a...