在运行pdb2gmx时候,添加-ss从而交互式地选择是否添加二硫键: gmxpdb2gmx-fO.pdb-ffamber99s b-ignh-oO.gro-ss 如果需要为这两个残基添加二硫键则输入y之后回车。若有多个二硫键,会依次提示,然后决定是否添加二硫键。 检查是否添加或者添加正确位置(非必须) 如果只有一个二硫键,那么肯定会添加成功的。如果...
但是前提是同一条链,因此需要在gmx pdb2gmx 命令时候加上 --ss //对话的形式确认每一个二硫键 -merge all //合并成为一条链 pymol发现二硫键已经加上去了,没有出现多余的氢原子。 接着重新走加盒子、加水、加离子。NVT,NPT,一切照常。 一个沉睡的研究,终于找对方向,就这样重启了。 ~~~ 分子动力学讨论...
前提是你必须在电脑中(/usr/local/bin)安装了dssp程序(http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/)。 do_dssp –s md.tpr –f md.trr –o fws_ss.xpm 选择计算组1(Protein)。用xpm2ps将xpm文件转成eps格式。然后用ImageMagick转化程序将eps文件转成png文件或其他格式文件。 xpm2ps –f fws_ss.xpm –o fws...
To map a disulfide bond, use the flag: -ss (they will be automatically identified). The other parameters refer to the solvent type (e.g., water: flag -water spce), net-charge (neutral; protonation: flag: -inter), N- and C-terminus modifications (flag: -ter), and polar hydrogen ...
gmxpdb2gmx-fO.pdb-ffamber99s b-ignh-oO.gro-ss 如果需要为这两个残基添加二硫键则输入y之后回车。若有多个二硫键,会依次提示,然后决定是否添加二硫键。 检查是否添加或者添加正确位置(非必须) 如果只有一个二硫键,那么肯定会添加成功的。如果有多个二硫键,且选择了某些不添加,那么应该检查一下,是否添加...
Updated Oct 15, 2024 HTML SSAGESproject / SSAGES Star 86 Code Issues Pull requests Discussions Software Suite for Advanced General Ensemble Simulations lammps gromacs enhanced-sampling qbox collective-variables hoomd-blue scientific-machine-learning miccom Updated Feb 24, 2023 C++ Marcello...
do_dssp –s md.tpr –f md.xtc –o ss.xpm g_dist和g_bond：提取两个原子间距离随时间变化 ...
Colvars是非常流行的自由能计算插件，里面实现了大量的自由能计算方法（比如US，eABF，MtD，SMD等），与...
老师，我是想问关于Cd与ssDNA的碱基之间的可能结合情况能不能很好描述？如果用Merz的Cd2+的离子参数，...
ss.map surface.dat sw.itp table6-10.xvg table6-11.xvg table6-12.xvg table6-8.xvg table6-9.xvg tip3p.itp tip4p.gro tip4p.itp tip5p.gro vdw-msms.dat vdwradii.dat xlateat.dat CMakeLists.txt README.tutor README_FreeEnergyModifications.txt src tests .black.toml .clang-format .dockeri...