不能与mpirun同时使用,不能跨节点并行 -ntomp [int] 每一rank的线程(thread)数,thread级别并行关于并行详细介绍参考:http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html ### 3、后处理 ### gmx energy 查看输出信息 -f [file.edr] 指定输出文件,直接回车可以查看输出了哪些信息 -o [file.xvg] 输出信息到...
gmx anadock - 根据 Autodock 运行计算团簇结构 gmx bundle - 分析轴束, 例如螺旋 gmx clustsize - 计算原子团簇的尺寸分布 gmx disre - 分析距离限制 gmx hbond - 计算分析氢键 gmx order - 计算碳末端每个原子的序参量 gmx principal - 计算一组原子的惯性主轴 gmx rdf - 计算径向分布函数 gmx saltbr - ...
命令如下,本命令同样需要mdp参数文件,名为minim.mdp, 能量最小化过程与添加离子过程相似,利用grompp将 拓扑和模拟参数写入一个二进制的输入文件中(.tpr), 然后使用GROMACS MD引擎的mdrun模块来进行能量最小化 gmx grompp -f ../MDP/minim.mdp -c pro_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr MDP参数文件内...
命令如下,本命令同样需要mdp参数文件,名为minim.mdp, 能量最小化过程与添加离子过程相似,利用grompp将 拓扑和模拟参数写入一个二进制的输入文件中(.tpr), 然后使用GROMACS MD引擎的mdrun模块来进行能量最小化 gmx grompp -f ../MDP/minim.mdp -c pro_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr MDP参数文件内...
gmx energy -f hot_sample.edr -o hot_sample.xvg Step7:结果分析与讨论 1、全体系的alpha-C原子的均方根偏差(RMSD)结果获取及分析 输入如下命令:gmx rms -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot_sample.trr -o rmsd.xvg RMSD值可以反应出模拟过程中体系的稳定情况,将rmsd.xvg导入EXCEL表,绘折线图,由图可...
MD 体系参数与周期性校正：主体模拟结束后检查温度、体系密度等参数，使用 gmx energy 命令提取数据，绘制折线图以判断体系是否符合预设条件。校正模拟体系周期性，将蛋白质和配体组合为一组，利用命令设定周期性校正中心，实现周期性校正。配体径向分布：分析稳定时期配体到蛋白质表面的径向分布函数，获得配体...
pdb2gmx是我们用到的第一个GROMACS模块, 它的作用的是产生三个文件:分子拓扑文件topol.top、位置限制文件posre.itp、后处理结构文件protein_processed.gro,具体命令如下: gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge all ...
gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro -bt:盒子的形状为菱形十二面体, -c:复合物距离盒子边缘至少1.0nm。 -cs spc216.gro:表示所有三点水模型都用spc216.gro填充盒子。 运行完命令后,打开.top文件,将最后一行SOL和后面的数字成为单独一行,保存。
gmx energy-f ie.edr-o interaction_energy.xvg 平均短程Coulombic相互作用能是-20.5 ± 7.4 kJ mol-1,而短程Lennard-Jones相互作用能是 -99.1 ± 7.2 kJ mol-1。我们很想从这两个数据中得出一些结论,但即使是CHARMM也很难给出有意义的结论。没有实验的办法能够验证这些值,所以没法知道它们是否有意义。而总...
echo "4 13";echo "\n")| gmx_mpi energy -f TBs_400_npt”的命令，在shell交互界面直接键入又...