gmx insert-molecules -ci melamine_GMX.gro -nmol 5 -box 5.5 5.5 5.5 -o box.gro ;insert **.gro into a Blank box gmx_mpi insert-molecules -f box.gro -ci met.gro -nmol 299 -o in.gro ;insert **.gro into an existing box gmx solvate -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p fws.top...
以及只想关心软件操作命令 那么后期有时间会将软件操作命令陆续测试发出 如有愿意也可一同参加 整理内容看参与者心情 希望大家帮忙转发及分享 后续该资料加微信并转发领取 资料都是免费的
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gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0 gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro -bt:盒子的形状为菱形十二面体, -c:复合物距离盒子边缘至少1.0nm。 -cs spc216.gro:表示所有三点水模型都用spc216.gro填充盒子。 运行完命令后,打开.top...
它们计算各种有机分子的密度、蒸发焓都很准确,但是介电常数、等温压缩系数计算得都一般。GAFF对于带有硝基的分子不好。OPLS和GAFF对于苯甲醛、甲酸,以及有两个及以上Br或Cl相距较近的情况都不好。对蛋白质构象的模拟: ff99SB+ildn+nmr > CHARMM27 >OPLS >> f99。
中断前作业提交命令:gmx mdrun -deffnm xxx 中断后续算:在同一个文件夹下运行:gmx mdrun -s xxx.tpr -cpi xxx.cpt -deffnm xxx mdrun默认将新产生的轨迹添加到原始文件末尾,最终文件包括续跑前与续跑后的所有内容。 正常结束追加模拟时间: 1 延续之前的模拟参数再额外续跑1ns,续跑前作业md1,续跑后作业md2...
分析氢键常用的命令为: 通过以上命令可输出hbond_ac.xvg、hbond_life.xvg、hbond_num.xvg文件。其中: hbond_ac.xvg:输出了氢键的平均存在周期(forward lifetime),可以作为衡量氢键稳定性的一个指标; hbond_life.xvg:主要需要关注p(t);p(t)是t的概率密度函数,就是统计不同的t出现的频率得到的结果,即氢键从0...
由于gromacs的很多命令都可以接受不同的文件类型,editconf也有其他功能,如和trjconv一样进行gro和pdb的转化: editconf -f sen.pdb -o sen.gro 或者 editconf -f sen.gro -o sen.pdb
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