如果是磷脂双层膜那种体系，gmx density结合-dens charge就可以分析不同截面位置的净电荷密度 ...
gmx rdf - 计算径向分布函数 gmx rotacf - 计算分子的转动相关函数 gmx rotmat - 计算叠合到参考结构的旋转矩阵 gmx sans - 计算小角中子散射谱 gmx saxs - 计算小角 X 射线散射谱 gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能 gmx vanhove - 计算 Van Hove 位移及相关...
gromacs文件介绍and一些杂知识.doc,(1)gromacs(GMX) 各种文件格式详细,可以查阅GROMACS 手册第5章第6小节,以下为简要介绍。 CPT文件:该文件为模拟断点文件(check point,.cpt)。该文件为模拟过程固定时间间隔产生,保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件
foriin`seq 0 1 5`;doletj=i+1;echo0 | gmx density -f gengzijisuan.gro -s gengzijisuan.tpr -o density.xvg -relative -sl 1 -d Z -b${i}-e${j};num=`grep -v'#'density.xvg | grep -v'@'| awk'{print $2}'`;echo"${j}${num}">> density_profile.txt;done 然后使用GNUPL...
gmx_mpi density -f NVT.gro -s NVT.tpr VMD使用 VMD统计吸附残基 same residue as {protein within 3.5 of resname PVDFT} VMD渲染高质量图片 渲染异常时,注意查看命令行窗口,很可能是文件路径有不能识别的字符 选择tachyon渲染器 Filename处选择保存路径和文件名 Render command中设置渲染参数,-res设定图像尺...
49 你在EM的时候，构型自己在调整个个原子之间的相对位置，使其相互之间的能量是最小的！所以你看到的...
(GMX.4 editconf) editconf 是 GMX 最重要的程序之一。 它的主要功能是对系统结构进行编辑,同时它也把系统结构文件保存或者转换到不同的文件格式中,如 gro、g96、pdb 文件等。 在 分子动力学模拟中,通常给模拟系统添加一个模拟盒子(周期性的盒子,原子从这边出去了,就从那边进来,通俗吧)。 editconf 使用 “ -...
gmx energy - 39、f npt.edr -o density.xvg 与压力一样,密度的运行平均值也绘制为红色。100ps的平均值为998.3kgm3,接近实验值 1000kgm3,SPC/E模型的预期密度为1008kgm3。SPC/E水模型的参数严格复制了水的实 验值。密度值随着时间的推移非常稳定,表明系统现在在压力和密度方面是很好的平衡的。 请注意:我...
gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 将.tpr文件传递给genion程序,提示选择替换溶剂分子的group时选择“SOL”(15),得到得到solv_ions.gro文件。 gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral ...
gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg gmx energy -f npt.edr -o density.xvg 11.分子模拟 gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr 运行: gmx mdrun -deffnm md_0_1 如果大家已做完前面的步骤,得到了模拟后的文件,就可以继续对结果进行分析,采取什么方法...