1.1 . 创建拓扑与坐标文件 gmx editconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) editconf -bt triclinic -f a.gro -o a-box.gro -d 1 gmx protonate- 结构质子化 gmx x2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmx solvate- 体系溶剂化 gmx solvate -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -...
如果是磷脂双层膜那种体系，gmx density结合-dens charge就可以分析不同截面位置的净电荷密度 ...
如图所示: 也可以通过density命令分子膜的密度等特征。如图所示: 在膜蛋白体系的模拟中,有许多其他的小问题需要注意。例如压力耦合的设置、原子重叠甚至系统崩溃等问题,需要针对性的进行检查和排除。 最后,有相关需求欢迎通过公众号联系我们。
density = mass / volume. Chinese Answer: Gromacs计算密度公式。 使用Gromacs软件计算系统密度的公式为,密度=总质量/体积。 计算总质量。 gmx analyze -f trajectory.xtc -o mass.xvg. 计算体积。 gmx trjconv -f trajectory.xtc -o volume.xvg -box. 计算密度。 density = mass / volume.©...
(editconf,genconf,pdb2gmx等)3.9 模拟能量分析(energy,enemat等)3.10 系统动态结构分析(cluster,confrms,midist等)3.11 空间分布性质(gyrate,msd,rdf,traj等)3.12 分子结构分析(hbond,order,principal,spol等)3.13 静电作用分析(dielectric,dipoles,potential等)3.14 介面作用分析(density,densmap,h2order等)3.15 光谱...
-density: 指定输出结构文件的分子密度。 -pbc: 处理结构文件的周期性。 -grasp: 将原子的力场参数存储在输出文件中,见上文。 -rvdw: 给定默认原子的默认范德华半径。该参数可用于处理缺少力场参数的原子。 -sig56: 使用范德华能量最低点到原子中心距离的一半距离,而不使用简单使用范德华半径的一半。(特殊使用...
也可以通过density命令分子膜的密度等特征。如图所示: 在膜蛋白体系的模拟中,有许多其他的小问题需要注意。例如压力耦合的设置、原子重叠甚至系统崩溃等问题,需要针对性的进行检查和排除。 最后,有相关需求欢迎通过公众号联系我们。 公众号: 320科技工作室....
3.14 介面作用分析(density,densmap,h2order等) 3.15 光谱学分析(anaeig,nmeig等) GROMACS算例 4 GROMACS计算实例——熟练掌握GROMACS计算一整套流程 4.1 纯相、多相混合体系模拟计算 冰、水、甲烷等、超临界二氧化碳等 乙醇等极性溶剂 石油化工领域等、聚合物分子等 ...
gmx density -f gengzijisuan.gro -s gengzijisuan.tpr -o density.xvg -relative -sl 5 -d Z -b 3 -e 6 0#选择系统密度 程序会将Z方向切成5等份,然后分别计算每个等份内的水的密度,生成 density.xvg 文件。使用以下命令将 xvg 转换成普通的文本文件,再用绘图软件绘图: ...