Number of steps = -1 F-max = 2.36291e+03 on atom 1082 F-Norm = 1.48576...
gmx grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr 在运行genbox和genion时确保你已经更新了topol.top文件,否则会出现一大堆错误信息("number of coordinates in coordinate file does not match topology,"等)。 现在调用mdrun执行EM: gmx mdrun -v -deffnm em -v是给没有耐心等...
也可简写为 : genbox –cp out –cs –p sprptide –o b4em Screen-- Output configuration contains 9035 atoms in 2967 residues Volume : 92.1813 (nm^3) Density : 994.449 (g/l) Number of SOL molecules: 2948 之后看加水之后的top文件 用命令 tail speptide.top 可以看到: [ system ] ; Name ...
; number of steps for center of mass motion removal nstcomm = 100 ; group(s) for center ...
# genbox –cp out –cs –p sprptide –o b4em Screen-- Output configuration contains 9035 atoms in 2967 residues Volume : 92.1813 (nm^3) Density : 994.449 (g/l) Number of SOL molecules: 2948 之后看加水之后的top文件 用命令 # tail speptide.top 可以看到 [ system ] ; Name Protein in...
Number of walls type atom types densities and box z scale factor for Ewald nwall 0 默认为 默认为0 1代表代表z 0处有一个处有一个wall 2代表代表z 0和和z z box处各有一个处各有一个wall 设为 设为2 时 可用压力耦合和时 可用压力耦合和Ewald加和法 通常最好使用加和法 通常最好使用...
Volume:340.649(nm^3)Density:1001.2(g/l)Numberofsolvent molecules:10465 水的密度是1吧 齐活。 加好了水 但是 不一定电荷是平的,有可能有一两个正电子 或者 负电,我们用NaCl把电荷补平 这样才科学。 grompp -v -f minim.mdp -c protein-water.gro -p protein.top -o protein-water.tpr ...
wall_atomtype = ;每个wall所处力场中原子类型名。在拓扑文件中使用自己的组合规则定义一种特殊的wall 原子类型,这样可以独立地调节每个原子类型与walls 之间的相互作用。 wall_density = ;对wall_type 为9-3 和10-4 ,每个wall 上的原子数密度,单位为[nm-3/nm-2]。。
nsteps=50000;Maximumnumber of(minimization)steps to perform;Parametersdescribing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist=1;Frequencyto update the neighbor list andlongrange forces cutoff-scheme=Verletns_type=grid;Methodto determine neighbor list(simple,grid...
cgnr:Charge group number。 电荷组定义整数电荷的单位; 它们有助于加快计算速度 charge:Self-explanatory 。“ qtot”描述符是分子上电荷的运行总计 mass:lso self-explanatory typeB,chargeB,massB:用于自由能微扰(此处不讨论) 随后的部分包括[键],[对],[角度]和[二面体,dihedrals]。 这些部分中的一些是不...