各位老师，同学们好，我想在gromacs中计算相互作用能，我在md.mdp中定义了两个能量组为SINF和DMSO。在...
ProLIF相互作用可视化_3@ProLIF教程_1动力学模拟轨迹中配体-蛋白复合物相互作用图的绘制@会啥ProLIF 309 0 16:23 App 会啥_gromacs_官网教程演示_1简单蛋白的动力学模拟_6NPT平衡+动力学模拟+分析 311 0 05:39 App ProLIF PPI可视化@ProLIF教程_2动力学模拟蛋白-蛋白复合物相互作用图的绘制@会啥ProLIF 320...
应《网络安全法》要求,自2017年10月1日起,未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用,请尽快对帐号进行手机号验证,感谢您的理解与支持!24小时热门版块排行榜 >论坛更新日志 (4773) >虫友互识 (821) >导师招生 (234) >文献求助 (192) >休闲灌水 (180) >考博 (139) >考研 (...
kjl3283 铜虫 (小有名气) 应助: 1 (幼儿园) 金币: 321.4 散金: 5 红花: 1 帖子: 108 在线: 56.8小时 虫号: 737862 注册: 2009-04-01 性别: GG 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和 [交流] 【讨论】键相互作用势能使用?请教,使用GROMACS软件,如果使用上面公式计算键相互作用,那应该用哪势能了,是ffgmx...
(1) 分子动力学模拟:Gromacs 可以模拟分子体系在不同温度和压力下的动力学行为,包括分子之间的相互作用、运动轨迹等。 (2) 静态结构计算:Gromacs 可以通过分子动力学模拟和最小化势能的方法来计算分子的静态结构,如蛋白质的三维结构。 (3) 模拟过程中能量计算:Gromacs 可以计算分子体系在模拟过程中的各种能量,如动...
4. GROMACS在分子动力学研究中的应用 GROMACS广泛应用于分子动力学研究领域,包括以下几个方面: (1)蛋白质折叠:通过GROMACS可以模拟蛋白质的折叠过程,了解蛋白质二级、三级结构的形成机制。 (2)蛋白质-配体相互作用:GROMACS可以模拟蛋白质与小分子配体的相互作用,用于药物设计和药效预测等研究。 (3)脂质双层模拟:GROMAC...
氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用,在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组,它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。 分析氢键常用的命令为: gmx hbond -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -num hbond_num.xvg...
针对gromacs软件的常用模块进行教学,包括蛋白与配体模拟分析,离子液体,小分子与细胞膜相互作用,同时介绍gromacs中的各分析模块使用功能。具体内容如下: 1. 蛋白与配体模拟分析 蛋白质的预处理,配体分子建模 1.1分子动力学模拟的力场 1.2.分子动力学模拟的参数及方法 ...
1.加载分子结构(PDB 文件):• PDB 文件(Protein Data Bank)包含分子(如蛋白质、核酸、小分子)的三维坐标和结构信息。• GROMACS 使用 pdb2gmx 工具将这些坐标信息转化为分子模型,同时分配力场参数。• 力场:描述分子间相互作用的数学模型,包括键、角、二面角势能及范德华力、电荷相互作用。
- 分析结果:使用 Gromacs 的命令行界面或 Python 脚本分析模拟结果,如计算分子间的相互作用能、结构因子等。 4.Gromacs 的应用案例 Gromacs 在生物大分子模拟领域有很多应用案例,例如: - 蛋白质结构预测:通过分子动力学模拟,Gromacs 可以帮助研究人员预测蛋白质的三维结构。 - 药物筛选:通过分子蒙特卡罗模拟,Gromacs ...