质子不直接在可滴定残留物和溶剂分子之间转移,而是与外部质子浴交换。由于该浴的化学势由水溶液的质子浓度(pH)决定,因此基于λ动力学的恒定pH MD(CpHMD)模拟在质子自由度的大规范系综中进行。 如果可滴定位点是“化学”或“拓扑”耦合的,则一个位点的力场参数取决于...
在GROMACS2018中,配备GPU的节点性价比越发明显,通过升级GPU对老旧设备的升级能带来与新产品相同的效果。 分子动力学(MD)模拟是一个完善的在物理角度从原子水平探索、理解生物分子的计算机工具。生物分子的MD模拟工具有ACEMD、Amber、CHARMM、Desmond、LAMMPS、NAMD...
我自己模建了一个蛋白，想用模拟退火的方法来模拟其最有可能的结构，amber中模拟退火需要产生一个限制...