各位老师，同学们好，我想在gromacs中计算相互作用能，我在md.mdp中定义了两个能量组为SINF和DMSO。在rerun之后，提取了这四项能量：Coul-SR、LJ-SR、Coul-14、LJ-14。这四项能量均有具体的数值。想问的问题是1-4作用只存在于分子内，分子之间的1-4项应该为0啊。为啥我提取出来的1-4项不为0啊。以下是我提取能量值。希望各位
基于Gromacs的蛋白质与小分子配体相互作用模拟教程, 视频播放量 407、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 0、收藏人数 24、转发人数 3, 视频作者 320科技工作室, 作者简介 公众号:320科技工作室 v: CAE320,相关视频:基于Gromacs进行膜蛋白体系的分子动力学模拟,基于MS对界
1. 蛋白质及配体结构获取 在本教程中,我们将使用T4溶菌酶L99A/M102Q(PDB ID:3HTB)为例,从PDB蛋白数据库 (RCSB PDB)下载其晶体结构,去掉晶体水,PO4和 BME。 蛋白及配体力场获取 只有在力场的.rtp文件中存在构建块的条目时,拓扑才能自动组装。而JZ4配体在 GROMACS 提供的任何力场中都不是一个可识别的实体,...
利用python脚本进行能量的计算,得到最后的能量文件并作图,即可直观展示蛋白质和配体间的相互作用能随时间的变化。 以四种体系中配体与蛋白质之间的LJ(SR)为例: 4 RMSD 均方根误差(RMSD)可理解为结构变化对于原子总数的平均; RMSD 表示不同结构同一原子的距离。蛋白质的RMSD可以揭示蛋白质在模拟过程中的构象与初始构...
lincs_iter = 1:LINCS算法迭代次数 lincs_order = 4:LINCS算法使用的矩阵阶数 cutoff-scheme = Verlet:使用Verlet截断方案 ns_type = grid:使用网格法搜索邻近原子 nstlist = 10:每10步更新一次邻近列表 rcoulomb = 0.9:库仑相互作用截断半径为0.9 nm ...
针对gromacs软件的常用模块进行教学,包括蛋白与配体模拟分析,离子液体,小分子与细胞膜相互作用,同时介绍gromacs中的各分析模块使用功能。具体内容如下: 1. 蛋白与配体模拟分析 蛋白质的预处理,配体分子建模 1.1分子动力学模拟的力场 1.2.分子动力学模拟的参数及方法 1.3复合物构象随时间的变化 1.4. 均方根偏差分析 1....
4、相互作用分析:氢键网络、接触面积、界面水分子等 实战演练: 1、模拟轨迹分析:trajectory,sasa,rdf,freevolume等 2、生成拓扑结构和坐标文件:editconf,genconf,pdb2gmx等 3、模拟能量分析:energy,enemat等 4、系统动态结构分析:cluster,confrms,midist等 ...
- 势能计算:Gromacs 可以计算生物大分子的势能,包括分子间的相互作用能、分子内能等。 - 模拟过程中的能量计算:Gromacs 可以在模拟过程中实时计算各种能量,如动能、势能、内能等。 - 轨迹文件的输出:Gromacs 可以输出轨迹文件,方便用户进行后续的分析。 - 模拟过程中的原子运动轨迹可视化:Gromacs 具有可视化工具,可以实...
1.高性能: • GROMACS 对并行计算进行了高度优化,可以在现代多核 CPU 和 GPU 系统上高效运行。 • 支持 OpenMP 和 MPI 以实现多线程和分布式计算。 2.广泛的应用范围: • 可用于模拟从小分子到大型蛋白质复合物的行为。 • 支持生物分子、聚合物、无机化合物以及其他化学体系的研究。