GEPIA2 是北京大学张泽民老师实验室开发的一个网站,能够对TCGA和GTEx项目共9736个肿瘤样本、8587个正常样本的RNA-seq表达数据进行分析。目前该网站已经有两篇文章发表。 参考文献: Tang, Z. et al. (2017) GEPIA: a web server for cancer and normal gene expression profiling and interactive analyses. Nucleic...
GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)web工具于2017年首次发布,基于TCGA和GTEx数据库中的肿瘤和正常样本进行基因表达分析。它提供差异表达分析、轮廓绘制、相关性分析、患者生存分析、相似基因检测和PCA分析。http://gepia.cancer-pku.cn/。 1.基因表达的一般...
今天给大家分享一个自己平时科研中经常用到的数据库,GEPIA2(gene expression profiling interactive analysis,GEPIA 2 (cancer-pku.cn))。GEPIA2对在进行肿瘤研究的科研人员有很大的利用价值。当你初遇到一个基因,不知道是抑癌基因还是促癌基因,不知道它和其他基因之间的相关性,不知道这个基因在相应肿瘤类型中的表达...
gepia2GEPIA2(Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2)是一款由北京大学张泽民教授团队开发的在线基因表达分析工具,整合了TCGA和GTEx两大数据库的RNA-seq数据,为研究人员提供多维度、高自由度的基因表达交互分析功能。其核心价值在于支持差异表达分析、生存分析、相关性分析等多种研究场景,并...
GEPIA2工作流程 基因一般性分析 我们以LDHA为例可以检索到LDHA的基因信息 LDHA的泛癌表达情况 LDHA的泛癌表达情况柱状图 然而我认为，没有统计的图都是耍流氓 差异分析 我们通过点击鼠标可以轻易获得一个肿瘤的差异分析结果。GEPIA2的差异分析结果默认是利用TCGA的肿瘤组织与GTEx的正常组织做对比。可以得到一个差异基因...
GEPIA2是GEPIA的更新版本,用于分析TCGA和GTEx项目中9736个肿瘤和8587个正常样本的RNA测序表达数据,使用标准处理管道。GEPIA2提供可定制的功能,如肿瘤/正常差异表达分析、根据癌症类型或病理分期进行分析、患者生存分析、相似基因检测、相关性分析和降维分析。(gepia2.cancer-pku.cn/) GEPIA2使用的RNA-Seq数据集基于UCSC...
GEPIA2(Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2)是一个基于TCGA(The Cancer Genome Atlas)和GTEx(Genotype-Tissue Expression)数据库的在线工具,用于快速进行基因表达分析和可视化。本教程将指导您如何使用GEPIA2进行基因相关性分析,帮助您理解不同基因之间的表达关系。 二、准备工作 访问GEPIA2网站:打开浏览器,...
而GEPIA2可以帮你轻松解决这个问题,结果导出非常方便,都是pdf矢量图,可编辑。无论是单基因还是多基因的生存分析、复发率、疾病进展阶段还是相关性分析,GEPIA2都能搞定。这个工具的主要数据来源于TCGA和GTEx项目的RNA-seq表达数据,数据量巨大。相比于自己花几天时间处理的公共数据,这个在线工具简直是神器。所以,如果你...
今天跟大家分享的是一个在线TCGA基因表达和生存分析的工具(GEPIA2),2019年发表在NAR上,目前已更新到2.0版本,访问网址是http://gepia2.cancer-pku.cn/#index,做TCGA数据的基因差异表达、相关性、预后等相关研究的小伙伴可以作为参考,结果和图可以直接导出。
GEPIA2提供了多种数据分析功能,包括单基因分析、癌症类型分析、多基因分析和基因表达谱分析等。你可以根据自己的需求选择不同的分析方法。🔬 操作步骤 选择你感兴趣的基因:在网站首页,你可以输入基因名称进行搜索。比如输入“ERB2”,就能找到相关的基因信息。