GEPIA2是一个基于TCGA和GTEx数据库的肿瘤和正常样本基因表达分析web工具,提供多种分析功能,由北京大学张泽民教授团队开发。 G
GEPIA2 是北京大学张泽民老师实验室开发的一个网站,能够对TCGA和GTEx项目共9736个肿瘤样本、8587个正常样本的RNA-seq表达数据进行分析。目前该网站已经有两篇文章发表。 参考文献: Tang, Z. et al. (2017) GEPIA: a web server for cancer and normal gene expression profiling and interactive analyses. Nucleic...
GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)web工具于2017年首次发布,基于TCGA和GTEx数据库中的肿瘤和正常样本进行基因表达分析。它提供差异表达分析、轮廓绘制、相关性分析、患者生存分析、相似基因检测和PCA分析。http://gepia.cancer-pku.cn/。 1.基因表达的一般...
GEPIA数据分析平台可分为三大模块:①肿瘤类型分析(Cancer Type Analysis);②单基因分析(Single Gene Analysis);③多基因分析(Multiple Gene Analysis)。内容分类比Oncomine数据平台更清晰、简洁和方便。 以GEPIA为关键词在Pubmed搜索可看到2409个匹配的结果。 如何使用这个工具呢?如果待研究的基因明确。选GEPIA2入口, 进...
而GEPIA2可以帮你轻松解决这个问题,结果导出非常方便,都是pdf矢量图,可编辑。无论是单基因还是多基因的生存分析、复发率、疾病进展阶段还是相关性分析,GEPIA2都能搞定。这个工具的主要数据来源于TCGA和GTEx项目的RNA-seq表达数据,数据量巨大。相比于自己花几天时间处理的公共数据,这个在线工具简直是神器。所以,如果你...
GEPIA2是GEPIA的更新版本,用于分析TCGA和GTEx项目中9736个肿瘤和8587个正常样本的RNA测序表达数据,使用标准处理管道。GEPIA2提供可定制的功能,如肿瘤/正常差异表达分析、根据癌症类型或病理分期进行分析、患者生存分析、相似基因检测、相关性分析和降维分析。(gepia2.cancer-pku.cn/) GEPIA2使用的RNA-Seq数据集基于UCSC...
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GEPIA2工作流程 基因一般性分析 我们以LDHA为例可以检索到LDHA的基因信息 LDHA的泛癌表达情况 LDHA的泛癌表达情况柱状图 然而我认为，没有统计的图都是耍流氓 差异分析 我们通过点击鼠标可以轻易获得一个肿瘤的差异分析结果。GEPIA2的差异分析结果默认是利用TCGA的肿瘤组织与GTEx的正常组织做对比。可以得到一个差异基因...
1.进入GEPIA2界面如下: 2.首先是对应肿瘤类型中的不同基因表达情况:输入肿瘤类型,即可以列出肿瘤中一些基因在tumor和normal中表达的差异。 3.当然,你也可以查找靶基因在对应肿瘤中的表达情况,以及靶基因在对应肿瘤不同阶段的表达差异: 4.肿瘤研究中最重要的生存曲线分析也是进行的:可以选择OS或者RFS两种类型,在group...
好用的数据库分享😘。科研分享:GEPIA2数据库 GEPIA2是基于TCGA数据库中的数据而建立的数据库,操作简单,不需要繁琐的下载过程以及分析过程,通过简单的操作便可得到自己想要的结果,推荐使用!数据库入口:http://gepia.c - 易晋达科研于20231116发布在抖音,已经收获了