GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)web工具于2017年首次发布,基于TCGA和GTEx数据库中的肿瘤和正常样本进行基因表达分析。它提供差异表达分析、轮廓绘制、相关性分析、患者生存分析、相似基因检测和PCA分析。http://gepia.cancer-pku.cn/。 1.基因表达的一般...
GEPIA2详解(中国智造-肿瘤数据库) 记得某一次讲座上,听到北京大学张泽民教授演讲时提到了他们实验室开发的GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis),基因表达谱数据动态分析网页工具,不知道为什么获得了几百的引用,毕竟他老人家引以为傲的工作应该是各大癌症的单细胞CNS文章啊! 我这里斗胆猜测一下,我们生信...
GEPIA2数据来源 如图所示，GEPIA2数据来源于TCGA和GTEx数据库。TCGA我们已经介绍过，不过GEPIA2对TCGA数据经过了筛选，具体筛选标准并没有详细介绍。比如肝癌TCGA有372例肿瘤组织，这里只有369例。下面简单介绍一下GTEx GTEx GTEx全称Genotype-Tissue Expression,该项目研究来自449名生前健康的人类捐献者的7000多份尸检样本...
好用的数据库分享😘。科研分享:GEPIA2数据库 GEPIA2是基于TCGA数据库中的数据而建立的数据库,操作简单,不需要繁琐的下载过程以及分析过程,通过简单的操作便可得到自己想要的结果,推荐使用!数据库入口:http://gepia.c - 易晋达科研于20231116发布在抖音,已经收获了
GEPIA2对在进行肿瘤研究的科研人员有很大的利用价值。当你初遇到一个基因,不知道是抑癌基因还是促癌基因,不知道它和其他基因之间的相关性,不知道这个基因在相应肿瘤类型中的表达情况时,你都可以好好利用下GEPIA2数据库,能给你一些好的提示和帮助。下面给大家讲解下GEPIA2:以PTEN基因为例...
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1.GEPIA2 GEPIA服务器已经运行了两年,为来自42个国家的约11万名用户处理了约28万份分析请求。GEPIA2是GEPIA的更新版本,用于分析来自TCGA和GTEx项目的9736个肿瘤和8587个正常样本的==RNA测序表达数据==。 GEPIA2保留了GEPIA的所有功能,除此之外,GEPIA2还增加了新的数据集和功能。
GEPIA2是一个在肿瘤研究中广泛应用的数据库。它对科研人员特别有价值，尤其在面对未知基因时。当你对某个基因的功能、与其他基因的相互作用以及在特定肿瘤中的表达情况感到困惑时，GEPIA2可以提供一些有用的信息。进入GEPIA2的界面后，首先可以看到不同肿瘤类型中基因表达的差异。通过输入肿瘤类型，可以比较...
分享一个科研中常用的数据库：GEPIA2。在进行肿瘤研究时，此数据库提供巨大价值。面对未知基因，可通过GEPIA2判断其可能作用（抑癌或促癌），分析与其他基因的关系，以及特定基因在不同肿瘤类型中的表达情况。具体操作包括：1. 进入GEPIA2界面。2. 分析肿瘤类型中基因表达差异。3. 查找靶基因在对应肿瘤...
对于基因差异表达分析的这里多说两句,GEPIA2 使用的候选方法是 limma 或者ANOVA。但是对于RNA-seq的数据,目前对于差异表达的分析的方法标准还是使用count 数据来进行分析,分析方法选择 Deseq2 或者 EdgR 都可以。由于GEPIA里面背景数据集是 TCGA 的 TPM 数据,其实用limma(这个一般是用来分析芯片数据的方法)也行,但是...