GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)web工具于2017年首次发布,基于TCGA和GTEx数据库中的肿瘤和正常样本进行基因表达分析。它提供差异表达分析、轮廓绘制、相关性分析、患者生存分析、相似基因检测和PCA分析。http://gepia.cancer-pku.cn/。 1.基因表达的一般...
LDHA在肝癌中的OS 还可以看某个肿瘤中生存分析p值最小的前500个基因,如下入: 如果想看多个基因在多个癌症中与生存的关联,可以利用survival map工具,输入基因列表和癌症列表,得到每个癌症中每个基因与生存的显著性p值 Isoform分析 isoform分析与gene分析类似,这里就不再赘述 基因或者基因集间相关性分析 在计算基因或s...
4.生存分析 我们在研究基因表达与生存之间的关联时,输入基因名以及是OS还是RFS,以及自定义颜色等,点击add添加感兴趣的癌症类型,点击plot就可以得到最终的生存分析结果(图14,15) 图14生存分析 图15生存分析结果 如果不知道癌症中哪些基因与生存有关,点击mostdifferential survival genes,得到与生存有关基因的列表,可以...
1. GEPIA 22.FUNCTIONS包括 表达分析 General:常规信息 Differential Genes:差异基因 Expression DIY:表达自定义分析 Survival Analysis:生存分析 Isoform Details:转录本详情 Correlation Analysis:相关性…
差异分析是生信分析的第一步,我们以GEPIA数据库实操展开。实操部分,请务必操作。我们鼓励大家用自己感兴趣的基因做各种分析。除了从mRNA进行分析,GEPIA还可以对lncRNA、miRNA进行差异分析和生存分析,助力非编码RNA的研究。 GEPIA是一种交互式网站,使用标准流程分析来自TCGA和GTEx项目的9736个肿瘤和8587个正常样本的RNA 测...
生存曲线分析：GEPIA2提供了生存曲线分析功能，研究者可以选择OS或RFS类型进行分析，以评估基因表达对肿瘤患者预后的影响。基因相关性分析：除了分析特定基因的表达情况外，GEPIA2还可以用于分析两个基因之间的相关性，这对于研究靶基因与潜在转录因子等的关系具有重要意义。注意事项：在使用GEPIA2时，需要注意...
还可以看某个肿瘤中生存分析p值最小的前500个基因,如下入: 如果想看多个基因在多个癌症中与生存的关联,可以利用survival map工具,输入基因列表和癌症列表,得到每个癌症中每个基因与生存的显著性p值 Isoform分析 isoform分析与gene分析类似,这里就不再赘述 基因或者基因集间相关性分析 在计算基因或signature之间相关性时...
这个在线工具开发的很贴心,无论是单gene还是多gene的生存OS,RFS,疾病进展阶段,相关性分析,应有进有,使用起来很方便。这也是我一直在用的在线工具。 Title: GEPIA2: an enhanced web server for large-scale expression profiling and interactive analysis. Nucleic Acids Res...
GEPIA2(Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2)是一款由北京大学张泽民教授团队开发的在线基因表达分析工具,整合了TCGA和GTEx两大数据库的RNA-seq数据,为研究人员提供多维度、高自由度的基因表达交互分析功能。其核心价值在于支持差异表达分析、生存分析、相关性分析等多种研究场景,并允许用户...
既然在表达量上相比其他基因如此显著,我就想看看生存分析结果了,正好前面的Survival heatmap显示的结果是这个基因高表达在LAML中是低风险,所以我去画个生存分析图看看。结果如下图,果真高表达, image-20191121221822393 2.查询基因亚型结构 image-20191018213624628 ...