染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP)可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀,特异性地富集目的蛋白结合的DNA,并可利用染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术,检测植物转录因子结合位点、组蛋白修饰分布,有效地完成植物基因表达情况的研究。 本期易基因聚焦染色质免疫共沉淀高通量测序...
GO分析:揭示差异基因在生物学过程、分子功能和细胞组分中的分布。 KEGG通路分析:识别差异基因富集的信号通路,帮助理解生物学背景。 结果验证与结论 最后,通过实验或已有文献验证结果,确保分析结论可靠。 GEO数据库的介绍 主要类型的数据 单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq) RNA-seq数据 miRNA表达数据 ChIP-seq数据 …… ...
KEGG通路分析:识别差异基因富集的信号通路,帮助理解生物学背景。 结果验证与结论 最后,通过实验或已有文献验证结果,确保分析结论可靠。 GEO数据库的介绍 主要类型的数据 单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq) RNA-seq数据 miRNA表达数据 ChIP-seq数据 …… 数据组织结构 在GEO数据库中,数据的组织结构是非常清晰的,主要包括...
GEO数据库是最大的公共数据库之一,包含有多种平台的数据,包括常见的芯片数据、高通量数据(RNAseq、ChIP、单细胞测序数据等等...)。由于是开放给作者上传高通量数据,所以即便是同一个平台(或者同一个GPL平台号)的数据中,包含的数据情况也是各式各样的,也可能会存在有数据缺失的情况。 备注:高通量数据很可能没有提...
GEO是美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的一个公共数据库,旨在存储、共享和分析基因表达和基因组数据。研究者在GEO中提交的高通量测序数据包括但不限于RNA-Seq、ChIP-Seq、Methyl-Seq等多种类型。 数据获取 首先,我们需要获取GEO数据库中的数据。在R中,可以使用GEOquery包来获取数据。安装此包并加载它: ...
使用igv手把手教你读懂、理解m6a-seq、rip-seq 、chip-seq等表观数据的peaks含义,以及制作峰度图 2328 7 1:03:19 App 单细胞直播一-从pbmc理解seurat数据结构对单细胞处理的重要性,画最佳聚类图,画细胞比例图 1469 -- 1:00:01 App 直播五-剪辑版-单细胞GO、KEGG富集分析不理想:如何从上千个term中选自己...
通过三步悠然的上传数据 第一步,准备raw data 即测序文件,二代测序就是指的fastq或者fastq.gz文件,同时还有md5文件(Linux下md5sum file即可获得) 第二步,准备processed data 即分析结果文件,ChIP-seq就是wig/bw文件,RNA-seq就是counts matrix或者FPKM文件等, 换而言之指的是需要方便别人查看你结果的文件。
GEO数据库是最大的公共数据库之一,包含有多种平台的数据,包括常见的芯片数据、高通量数据(RNAseq、ChIP、单细胞测序数据等等...)。由于是开放给作者上传高通量数据,所以即便是同一个平台(或者同一个GPL平台号)的数据中,包含的数据情况也是各式各样...
数据库支持包括RNA-seq、ChIP-seq、甲基化芯片等超过50种实验类型。用户可获取原始数据(如FASTQ文件)、处理后的表达矩阵(如基因计数表)以及研究者提交的补充分析结果。例如,癌症研究中的差异表达基因数据集常包含肿瘤与正常组织的对比数据,可直接用于生物标志物筛选。 开放性与数据共享 所有数据遵...
之前写的的CHIP-seq和RNA-seq很多练习的数据都是从GEO数据库下载的。但是从来没有细致的了解过GEO这个数据库。趁着还没复工,再多学一点新知识~这次的笔记是生信技能树的视频笔记,视频是对公众开放的,地址如下: 生信技能数b站视频地址:https://space.bilibili.com/338686099/channel/detail?cid=95141 ...