10)测序数据注释和实验流程概述 为了让大家更好的利用公共数据库中的数据,所以需要大家对自己上传的数据进行充分的注释,geo官方给定的了一个metadata spreadsheet (template and examples),里面包含了RNA-seq和ChIP-seq数据的模板,可以根据模板填入。填完之后就随数据同时上传即可。 11)待所有数据上传完成后,就可以进入...
之前写的的CHIP-seq和RNA-seq很多练习的数据都是从GEO数据库下载的。但是从来没有细致的了解过GEO这个数据库。趁着还没复工,再多学一点新知识~这次的笔记是生信技能树的视频笔记,视频是对公众开放的,地址如下: 生信技能数b站视频地址:https://space.bilibili.com/338686099/channel/detail?cid=95141 ...
2.processed data files:一个至多个文件,是根据你的原始文件进行分析所提取得到的一些数据;该部分经过处理的数据是GEO提交的必要部分,GEO会审核客户上传的处理过的数据,以此来检验相关文章结论的真实可靠性。比如RNA-seq可以上传基因表达量文件,ChIP-seq可以上传WIG, bigWig, bedGraph等,不过由于是中间文件,该部分内容...
比如RNA-seq可以上传基因表达量文件,ChIP-seq可以上传WIG, bigWig, bedGraph等,不过由于是中间文件,该部分内容没有完全固定的格式。 3)raw data files:一个至多个文件,这是你测序或芯片获得的原始文件。测序的原始数据一般采用FASTQ格式,另外SRA数据库接受的其他格式也是可以的(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra...
GEO数据库简介 GEO是美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的一个公共数据库,旨在存储、共享和分析基因表达和基因组数据。研究者在GEO中提交的高通量测序数据包括但不限于RNA-Seq、ChIP-Seq、Methyl-Seq等多种类型。 数据获取 首先,我们需要获取GEO数据库中的数据。在R中,可以使用GEOquery包来获取数据。安装此包并加载...
1)metadata spreadsheet:点击“metadata spreadsheet” 下载模板进行填写。下载文件为Excel表格形式,该文件是填写关于整个研究中样本和实验的相关信息。下载的模板中附有RNA-seq EXAMPLE、ChIP-seq EXAMPLE、scRNA-seq EXAMPLE及CITE-seq EXAMPLE四个EXAMPLE,可参照提供的EXAMPLE进行填写。具体栏目填写参考: ...
GEO数据库接受多种数据的上传,包括mRNA profiling,RNA-seq,small RNA profiling,miRNA-se,ChIP-Seq,HiC-seq,methyl-seq, bisulfite-seq。本次报道以上传RNA-seq为例来给大家展示。其中GEO数据库也给出了详细的上传说明:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html,同时我也来说一下自己的上传经历。
Expression Omnibus）数据库主要存储基因表达和其他分子profilings数据，包括微阵列、RNA-seq、ChIP-seq等...
官网教程:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html::: 1 提交说明(Submission instructions) GEO 接受下一代测序数据,检测定量基因表达、基因调控、表观基因组学或功能基因组学的其他方面,使用 RNA-seq(包括单细胞)、miRNA-seq、ChIP-seq、RIP-seq、HiC-seq、methyl-seq 等方法。GEO 处理您研究的...
2.processed data files:一个至多个文件,是根据你的原始文件进行分析所提取得到的一些数据;该部分经过处理的数据是GEO提交的必要部分,GEO会审核客户上传的处理过的数据,以此来检验相关文章结论的真实可靠性。比如RNA-seq可以上传基因表达量文件,ChIP-seq可以上传WIG, bigWig, bedGraph等,不过由于是中间文件,该部分内容...