染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP)可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀,特异性地富集目的蛋白结合的DNA,并可利用染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术,检测植物转录因子结合位点、组蛋白修饰分布,有效地完成植物基因表达情况的研究。 本期易基因聚焦染色质免疫共沉淀高通量测序...
GEO是美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的一个公共数据库,旨在存储、共享和分析基因表达和基因组数据。研究者在GEO中提交的高通量测序数据包括但不限于RNA-Seq、ChIP-Seq、Methyl-Seq等多种类型。 数据获取 首先,我们需要获取GEO数据库中的数据。在R中,可以使用GEOquery包来获取数据。安装此包并加载它: # 安装GE...
第二步,准备processed data 即分析结果文件,ChIP-seq就是wig/bw文件,RNA-seq就是counts matrix或者FPKM文件等, 换而言之指的是需要方便别人查看你结果的文件。 第三步,填写metadata spreadsheet 下载第一个红标区域的metadata spreadsheet template EXAMPLE 1 如图所示为ChIP-seq数据提交模板,加粗蓝色栏为必填,未加粗的...
GEO数据库是最大的公共数据库之一,包含有多种平台的数据,包括常见的芯片数据、高通量数据(RNAseq、ChIP、单细胞测序数据等等...)。由于是开放给作者上传高通量数据,所以即便是同一个平台(或者同一个GPL平台号)的数据中,包含的数据情况也是各式各样的,也可能会存在有数据缺失的情况。 备注:高通量数据很可能没有提...
GEO数据库是最大的公共数据库之一,包含有多种平台的数据,包括常见的芯片数据、高通量数据(RNAseq、ChIP、单细胞测序数据等等...)。由于是开放给作者上传高通量数据,所以即便是同一个平台(或者同一个GPL平台号)的数据中,包含的数据情况也是各式各样...
他们对两种不同的因子(NFkB-II和Pol II)进行RNA-seq和ChIP-seq。这导致4个子系列(2个用于RNA-seq,2个用于ChIP-seq) 一个更简单的例子,如GSE994,使用Affymetrix微阵列比较来自当前和以前吸烟者的样本 提交给NCBI GEO的数据既可以是"raw",也可以是"proceseed"。我们暂且把重点放在基因表达数据上。"proceseed"的...
在GEO数据库里面收录了各种各样的数据,不仅有芯片数据也有测序数据。不仅有DNA数据,表达谱数据,也有甲基化数据和chip-seq的数据。对于表达谱数据来说,一般第一步我们都会去做差异表达分析,去寻找在不同状态下表达值存在显著差异的基因,然后基于这些差异表达的基因再去做一些下游的分析。前面小编也给大家介绍过一些基于...
(template and examples)，里面包含了RNA-seq和ChIP-seq数据的模板，可以根据模板填入。填完之后就随数据...
(2)准备好三个文件:Metadata spreadsheet(元数据表格)、Processed data files(已处理的数据文件)、Raw data files(原始数据文件)。 ①点击Metadata spreadsheet或下拉界面至Metadata spreadsheet,再点击Download metadata spreadsheet下载模板。 下载的模板中附有RNA-s...
1. 了解GEO高通量测序数据的基本特征和格式 GEO数据库中的高通量测序数据通常以SRA(Sequence Read Archive)格式存储,这是一种用于存储原始测序读段(reads)的标准格式。这些数据可能包括RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq等多种类型的测序数据。 2. 选择合适的数据处理工具和软件 处理GEO中的高通量测序数据,常用的工具包...