染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP)可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀,特异性地富集目的蛋白结合的DNA,并可利用染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术,检测植物转录因子结合位点、组蛋白修饰分布,有效地完成植物基因表达情况的研究。 本期易基因聚焦染色质免疫共沉淀高通量测序...
单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq) RNA-seq数据 miRNA表达数据 ChIP-seq数据 …… 数据组织结构 在GEO数据库中,数据的组织结构是非常清晰的,主要包括以下几个部分: GEO Series (GSE) GSE代表整个实验的元数据和汇总数据,通常包含实验的基本信息、样本描述以及相关的基因表达数据。我们通常下载的是GSE数据,它包含了多个...
KEGG通路分析:识别差异基因富集的信号通路,帮助理解生物学背景。 结果验证与结论 最后,通过实验或已有文献验证结果,确保分析结论可靠。 GEO数据库的介绍 主要类型的数据 单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq) RNA-seq数据 miRNA表达数据 ChIP-seq数据 …… 数据组织结构 在GEO数据库中,数据的组织结构是非常清晰的,主要包括...
GEO数据库是最大的公共数据库之一,包含有多种平台的数据,包括常见的芯片数据、高通量数据(RNAseq、ChIP、单细胞测序数据等等...)。由于是开放给作者上传高通量数据,所以即便是同一个平台(或者同一个GPL平台号)的数据中,包含的数据情况也是各式各样的,也可能会存在有数据缺失的情况。 备注:高通量数据很可能没有提...
GEO数据有芯片数据,也有RNAseq数据,芯片数据一般是经过背景校正、标准化过的。如果表达量较小,说明是经过log2转化。RNAseq数据有counts矩阵,也有FPKM。FPKM可以看做为基因的相对表达量,不能转为counts,根据公式可以看出。那么当有counts,有FPKM时,我们需要将count转为FPKM,或者将他们都转为TPM。接...
GEO是美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的一个公共数据库,旨在存储、共享和分析基因表达和基因组数据。研究者在GEO中提交的高通量测序数据包括但不限于RNA-Seq、ChIP-Seq、Methyl-Seq等多种类型。 数据获取 首先,我们需要获取GEO数据库中的数据。在R中,可以使用GEOquery包来获取数据。安装此包并加载它: ...
GEO数据有芯片数据,也有RNAseq数据,芯片数据一般是经过背景校正、标准化过的。如果表达量较小,说明是经过log2转化。 RNAseq数据有counts矩阵,也有FPKM...
使用igv手把手教你读懂、理解m6a-seq、rip-seq 、chip-seq等表观数据的peaks含义,以及制作峰度图 2328 7 1:03:19 App 单细胞直播一-从pbmc理解seurat数据结构对单细胞处理的重要性,画最佳聚类图,画细胞比例图 1469 -- 1:00:01 App 直播五-剪辑版-单细胞GO、KEGG富集分析不理想:如何从上千个term中选自己...
通过三步悠然的上传数据 第一步,准备raw data 即测序文件,二代测序就是指的fastq或者fastq.gz文件,同时还有md5文件(Linux下md5sum file即可获得) 第二步,准备processed data 即分析结果文件,ChIP-seq就是wig/bw文件,RNA-seq就是counts matrix或者FPKM文件等, 换而言之指的是需要方便别人查看你结果的文件。
GEO数据库是最大的公共数据库之一,包含有多种平台的数据,包括常见的芯片数据、高通量数据(RNAseq、ChIP、单细胞测序数据等等...)。由于是开放给作者上传高通量数据,所以即便是同一个平台(或者同一个GPL平台号)的数据中,包含的数据情况也是各式各样的,也可能会存在有数据缺失的情况。