GEO是美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的一个公共数据库,旨在存储、共享和分析基因表达和基因组数据。研究者在GEO中提交的高通量测序数据包括但不限于RNA-Seq、ChIP-Seq、Methyl-Seq等多种类型。 数据获取 首先,我们需要获取GEO数据库中的数据。在R中,可以使用GEOquery包来获取数据。安装此包并加载它: # 安装GE...
GEO数据库是最大的公共数据库之一,包含有多种平台的数据,包括常见的芯片数据、高通量数据(RNAseq、Ch...
GEO 接受下一代测序数据,检测定量基因表达、基因调控、表观基因组学或功能基因组学的其他方面,使用 RNA-seq(包括单细胞)、miRNA-seq、ChIP-seq、RIP-seq、HiC-seq、methyl-seq 等方法。GEO 处理您研究的所有组成部分,包括样本、项目描述、处理的数据文件,并代表您将原始数据文件提交到 Sequence Read Archive (SRA...
2)processed data files:一个至多个文件,是根据你的原始文件进行分析所提取得到的一些数据;该部分经过处理的数据是GEO提交的必要部分,GEO会审核客户上传的处理过的数据,以此来检验相关文章结论的真实可靠性。比如RNA-seq可以上传基因表达量文件,ChIP-seq可以上传WIG, bigWig, bedGraph等,不过由于是中间文件,该部分内容...
GEO数据库接受多种数据的上传,包括mRNA profiling,RNA-seq,small RNA profiling,miRNA-se,ChIP-Seq,HiC-seq,methyl-seq, bisulfite-seq。本次报道以上传RNA-seq为例来给大家展示。其中GEO数据库也给出了详细的上传说明:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html,同时我也来说一下自己的上传经历。
2.processed data files:一个至多个文件,是根据你的原始文件进行分析所提取得到的一些数据;该部分经过处理的数据是GEO提交的必要部分,GEO会审核客户上传的处理过的数据,以此来检验相关文章结论的真实可靠性。比如RNA-seq可以上传基因表达量文件,ChIP-seq可以上传WIG, bigWig, bedGraph等,不过由于是中间文件,该部分内容...
通过研究类型进行筛选,比如二代测序转录组数据、chipseq、芯片数据的甲基化,单核苷酸突变等进行筛选。 4 Author是根据作者进行筛选,一般用不到。 5 属性名称,表示数据来自于组织还是特定的细胞类型。 6 Publication dates是指初版日期。点击Custom range...可以进行筛选时间。
这是因为,我们在使用GEO2R进行分析的时候,其实是分两部分的 基于原始数据ID的差异表达分析。 分析完之后吧ID号和注释文件进行匹配。如果有基因名那就匹配上了。如果没有那就显示其他的芯片。 对于这个数据集,我们如果去看他们的注释文件的话(GPL15314)。会发现里面就是这样显示的: ...
✴️前言:我们从GEO数据库下载得到表达矩阵,在进行各种分析之前,首先要做的就是对数据进行标准化。 但并不是所有数据都需要进行标准化,GEO中有些数据是已经标准化了的,有些则没有,需要我们进行一个判断,判断的方法,我在后文会讲到。 众所周知,GEO数据分为芯片数据和测序数据。这两种数据他们所采用的标准化方...
2.processed data files:一个至多个文件,是根据你的原始文件进行分析所提取得到的一些数据;该部分经过处理的数据是GEO提交的必要部分,GEO会审核客户上传的处理过的数据,以此来检验相关文章结论的真实可靠性。比如RNA-seq可以上传基因表达量文件,ChIP-seq可以上传WIG, bigWig, bedGraph等,不过由于是中间文件,该部分内容...