若您可以提供downloader的gene id所对应的这些信息,那么有以下几种主要方法可以实现symbol转换:1. 使用生物信息学数据库的ID转换工具,如Ensemble、Entrez、Uniprot等,上传gene id信息并选择相应的基因组版本,可以批量将gene id转换为symbol。2. 从对应的基因组资源数据库下载注释文件,该文件中包含gene id和...
页面有对这个芯片和探针的详细描述,完整的转换文件可以在页面最下方下载,Annotation SOFT table 比full table内容更多更详细: 下载完成后,把你下载的series matrix file矩阵的探针号转换成基因号就好了。但是呢,又出现了新的问题,并不是每个探针都有symbol,不同的探针可能会对应相同的symbol,还有一个探针多个symbol的...
但是这样得到的仅有probe id,没有gene symbol, 那又该怎么样办呢? 我们可以下载平台的注释文件 下载好之后用excel打开进行排序匹配就可以了。 最终得到了这个具有gene symbol的矩阵 本次分享就到这里,感谢大家的阅读。本文来源于微信公众号SCI狂人,版权归SCI狂人团队所有。
gene symbol---转换为---gene ID: 进行后续的KEGG,GO分析需要,用R语言中的“org.Hs.eg.db”包,进行数据库中的一一搜索,运行脚本即可。 gene probe---转换为---gene symbol: 表达芯片数据集需要后续分析时,尤其是GEO数据库。
对探针ID进行注释 注释过程很简单,直接利用merge函数,根据探针ID进行结合 #进行探针ID注释geowithSymbol=merge(geoResults,probe_select,by.x ="ID",by.y ="ID",all.x = T) 注释结果 head(geowithSymbol)IDadj.P.Val P.Value t B logFC Gene.Symbol11...
gene symbol等信息在gene_assignment列中,“//”隔开ID:Affymetrix Probe Set IDGB_ACC:GenBank Accession NumberGene Symbol:A gene symbol, when one is available (from UniGene).ENTREZ_GENE_ID:Entrez Gene Database UID
是指将基因芯片或转录组测序中使用的探针ID(probe ID)转换为对应的基因符号(gene symbol)。探针ID是用于标识基因芯片上的探针或引物序列的唯一标识符,而基因符号是用于表示特定基因的符...
如果是用annotate包,首先你还是需要读取你的待转换ID文件,构造成一个向量,tmp,然后用getSYMBOL(as.character(tmp), data='org.Hs.eg')这样直接就返回的还是以向量,只是在原来向量的基础上面加上了names属性。说明书:http://www./packages/3.3/bioc/manuals/annotate/man/annotate.pdf ...
# annotate是探针注释信息,包含两列吗,第一列为探针ID,第二列为探针ID的注释信息 # mathod多个探针ID对应同一个symbol的处理方法,默认为均值library(dplyr)library(tidyr)names(matrix)[1]='probe_id'names(annotate)=c('probe_id','symbol')if(length(matrix$probe_id)==length(unique(matrix$probe_id)))...
最近用R做一个表达矩阵的注释的时候,发现有2000多个探针对应了多个gene symbol ,以abc /// edf ///hda的形式出现,经过多番捣腾,也搞不出结果。现...