是指将基因芯片或转录组测序中使用的探针ID(probe ID)转换为对应的基因符号(gene symbol)。探针ID是用于标识基因芯片上的探针或引物序列的唯一标识符,而基因符号是用于表示特定基因的符...
若您可以提供downloader的gene id所对应的这些信息,那么有以下几种主要方法可以实现symbol转换:1. 使用生物信息学数据库的ID转换工具,如Ensemble、Entrez、Uniprot等,上传gene id信息并选择相应的基因组版本,可以批量将gene id转换为symbol。2. 从对应的基因组资源数据库下载注释文件,该文件中包含gene id和...
但是这样得到的仅有probe id,没有gene symbol, 那又该怎么样办呢? 我们可以下载平台的注释文件 下载好之后用excel打开进行排序匹配就可以了。 最终得到了这个具有gene symbol的矩阵 本次分享就到这里,感谢大家的阅读。本文来源于微信公众号SCI狂人,版权归SCI狂人团队所有。
页面有对这个芯片和探针的详细描述,完整的转换文件可以在页面最下方下载,Annotation SOFT table 比full table内容更多更详细: 下载完成后,把你下载的series matrix file矩阵的探针号转换成基因号就好了。但是呢,又出现了新的问题,并不是每个探针都有symbol,不同的探针可能会对应相同的symbol,还有一个探针多个symbol的...
ArrayMaps map Array probe ID to gene symbolAbout map Array probe ID to gene symbol Resources Readme License Apache-2.0 license Activity Stars 0 stars Watchers 1 watching Forks 0 forks Report repository Releases No releases published Packages No packages published Footer...
最近用R做一个表达矩阵的注释的时候,发现有2000多个探针对应了多个gene symbol ,以abc /// edf ///hda的形式出现,经过多番捣腾,也搞不出结果。现...
今天公众号：BioInfoCloud将从GEO芯片的原始数据进行分析，为大家详细的讲解。
我们可以下载Series Matrix File(s),然后进行分析 但是这样得到的仅有probe id,没有gene symbol, 那又该怎么样办呢? 我们可以下载平台的注释文件 下载好之后用excel打开进行排序匹配就可以了。 最终得到了这个具有gene symbol的矩阵 本次分享就到这里,感谢大家的阅读。
大家先看看Gene symbol在那一列,然后在选取探针ID和gene ' names(annotate) = c('probe_id','symbol') if(length(matrix$probe_id)==length(unique(matrix$probe_id ID有重复,请重新输入去重之后的探针注释文件') } }else { print('输入的探针表达矩阵中的probe ID有重复,请重新输入去重之后的探针表达矩阵...
将probeID转换为gene symbol通常需要一个注释文件,这个文件包含了probeID和gene symbol之间的对应关系。这个注释文件通常可以从芯片制造商的网站或者公共数据库中获取。 以下是一个简单的Python脚本,它使用pandas库来进行转换: 代码语言:javascript 复制 import pandas as pd # 加载注释文件 annotation = pd.read_csv(...