今天在做ssGESA分析的时候发现,TCGA下载的基因ID为Ensembl ID,下载的基因集为Gene name,在做分析之前要做一下基因ID转化,代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“tidyverse”) 导入需要的R包 library(tidyverse) 数据下载 在Xena数据库下载表达矩阵和ID对应表格 #表达矩阵下载 wgethttps://gdc-hub.s3.us-eas...
biocLite('rtracklayer') library('rtracklayer') myGTF <- 'Your_download_GTF_name.gtf' newGTF <- import(myGTF) a<-cbind(newGTF$gene_id,newGTF$gene_name,newGTF$gene_type) colnames(a)<-c('geneid','genename','genetype') res$geneid<-rownames(res) res_S<-merge(a,res,by='gene...
网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Mammalia/Homo_sapiens.gene_info.gz 这里...
1 在实际应用中，我们可能需要按基因在染色体上的分布位置进行排列，或者按基因名称规律进行排列，如何在基因排列顺序打乱后Gene ID和Gene Name依然一一对应。下面是实例操作，左侧是已知的Gene ID和Gene Name，右侧我们按Gene Name进行排序，使用Excel中的VLOOKUP函数找到其对应的Gene ID。一定要清空前后字符串。2 我们...
最终将Ensembl ID转化为gene name,有需要的可以借鉴学习,在这里需要注意的是多个Ensembl ID对应一个Gene name。 小果今天的分享就到这里。 生信人R语言学习必备 立刻拥有一个Rstudio账号 开启升级模式吧 (56线程,256G内存,个人存储1T) “生信果”,生信入门、R语言、生信图解读与绘制、软件操作、代码复现、生信硬核...
不多介绍,参考视频和GEO多数据集分析的那个视频, 视频播放量 9230、弹幕量 2、点赞数 92、投硬币枚数 42、收藏人数 220、转发人数 28, 视频作者 Jingle进哥, 作者简介 王进个人网站 www.jingege.wang,相关视频:【gene ID】gene ID转换的在线工具,二: 基因id一键转换,中
生信干货~ID(ENSGxx)转Gene name的方法~ ID转换很多时候你得到的是GENCODE的ID,比如ENSGxxx之类的,怎样转换成gene symbol呢?往下看 一般的教程是这样的 R语言环境下library("AnnotationDbi")library("org.Hs.eg.db")columns(org.Hs.eg.db) #看一下都有什么res...
library('rtracklayer') myGTF <- 'Your_download_GTF_name.gtf' newGTF <- import(myGTF) a<-cbind(newGTF$gene_id,newGTF$gene_name,newGTF$gene_type) colnames(a)<-c('geneid','genename','genetype') res$geneid<-rownames(res) ...
如果是从gene name转为gene ID的话,fromType和toType分别设定为SYMBOL和ENSEMBL。反之亦然。 #人的数据库 org.Hs.eg.db name_ID = bitr(genename, fromType="SYMBOL", toType="ENSEMBL", OrgDb="org.Hs.eg.db") genename_geneID.png ps:匹配的成功率并不是100%,对于没有匹配上的基因可能就需要手动...
基因entrez ID转换 Gene Symbol 名字 R语言 setwd("/share/nas1/huangls/test/hypertension") library(org.Hs.eg.db) library(annotate) df=read.table("GPL19109.soft.1",header = T,sep = "\t",stringsAsFactors = F) df=df[!is.na(df$ENTREZ_GENE_ID),] ...