方法/步骤 1 在实际应用中，我们可能需要按基因在染色体上的分布位置进行排列，或者按基因名称规律进行排列，如何在基因排列顺序打乱后Gene ID和Gene Name依然一一对应。下面是实例操作，左侧是已知的Gene ID和Gene Name，右侧我们按Gene Name进行排序，使用Excel中的VLOOKUP函数找到其对应的Gene ID。一定要清空前后字符...
我们尝试从gene name转为gene ID 首先读入gene name文件 library(clusterProfiler)Tibetan_selected=read.table('genename.txt',header=FALSE,sep="\n")genename=vector(mode="character",length=0)for(iin1:dim(Tibetan_selected)[1]){genename[i]=as.character(Tibetan_selected[i,1])} ![genename_geneID....
### gene_id to gene_name grep 'gene_id' $gtf | awk -F 'gene_id \"' '{print $2}' |awk -F '\"' '{print $1}' >gene_id_tmp grep 'gene_id' $gtf | awk -F 'gene_name \"' '{print $2}' |awk -F '\"' '{print $1}' >gene_name_tmp paste gene_id_tmp gene_name...
前几天在帮同学处理数据,可视化的时候发现一个问题。看图 可以发现,geneID这一列是数字,如果做弦图展示基因和通路,这就很难受,显示的基因不是名称而是数字。 秉承发现问题解决问题,在网上搜索,参考两篇比较…
uniprot ID 转成geneid / genename proteins <- c("P02671", "P02679", "P01871", "Q96PD5", "P04278", "P02042", "P10745", "P07384", "P06576", "P01709", "P07477") ids_mapping <- getBM(mart=ensembl_hsapiens, attributes = c("uniprotswissprot","entrezgene_id","external_gene_na...
myGTF <- 'Your_download_GTF_name.gtf' newGTF <- import(myGTF) a<-cbind(newGTF$gene_id,newGTF$gene_name,newGTF$gene_type) colnames(a)<-c('geneid','genename','genetype') res$geneid<-rownames(res) res_S<-merge(a,res,by='geneid') ...
Gene_name(Gene Symbol) 即HOGN数据库为基因提供的官方命名,命名规则一般为全名的缩写,由大写字母、数字组合而成,如TNPO1P3(transportin 1 pseudogene 3),RHOV(Ras Homolog Family Member V)。 3 NCBI_gene_ID(NCBI Entrez Gene ID) 即NCBI旗下的Entrez gene数据库所使用的编号,每个编号具有唯一性,编号构成...
我们需要做的就是在ID转换的里面，在填写数据的左边，按照下图当中的操作填入具体的相对应的ID。点击submit之后，在右边栏当中选择想要转换的ID号，然后点击submit即可。g:Convert 之前我们在介绍富集分析软件的时候，提到过一个多ID的富集分析软件g:GOST。具体的数据库介绍，可以查看推送的第二条。在这个数据库里面有...
如果是用annotate包,首先你还是需要读取你的待转换ID文件,构造成一个向量,tmp,然后用getSYMBOL(as.character(tmp), data='org.Hs.eg')这样直接就返回的还是以向量,只是在原来向量的基础上面加上了names属性。说明书:http://www.bioconductor.org/packages/3.3/bioc/manuals/annotate/man/annotate.pdf ...