我们尝试从gene name转为gene ID 首先读入gene name文件 library(clusterProfiler)Tibetan_selected=read.table('genename.txt',header=FALSE,sep="\n")genename=vector(mode="character",length=0)for(iin1:dim(Tibetan_selected)[1]){genename[i]=as.character(Tibetan_selected[i,1])} ![genename_geneID....
0057-【生物数据库】-如何进行RNA差异基因的GeneName对应转为Gene ID,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
1 在实际应用中，我们可能需要按基因在染色体上的分布位置进行排列，或者按基因名称规律进行排列，如何在基因排列顺序打乱后Gene ID和Gene Name依然一一对应。下面是实例操作，左侧是已知的Gene ID和Gene Name，右侧我们按Gene Name进行排序，使用Excel中的VLOOKUP函数找到其对应的Gene ID。一定要清空前后字符串。2 我们...
Gene_stable_ID(Ensembl gene ID) Gene_name(Gene Symbol) NCBI_gene_ID(NCBI Entrez Gene ID) Gene_Synonym 为大家简单介绍一下这四种ID: 1 Gene_stable_ID(Ensembl gene ID) 即Ensembl数据库中对基因的命名。以智人ENSG00000275442为例,ENS为开头的固定字符,默认为Homo sapiens (Human),小鼠Mus musculus (Mo...
点击submit之后，在右边栏当中选择想要转换的ID号，然后点击submit即可。g:Convert 之前我们在介绍富集分析软件的时候，提到过一个多ID的富集分析软件g:GOST。具体的数据库介绍，可以查看推送的第二条。在这个数据库里面有一个g:Convert的工具，这个工具可以让我们进行ID的转换。在这个数据库进行ID转换的话，我们不需要...
你确定这是一个gene name : ppa024080m.g，如果是那就去genbank直接检索这个名字。其实最好的办法是...
gene ID 转换 > keytypes(org.Hs.eg.db) [1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLTRANS" [6] "ENTREZID" "ENZYME" "EVIDENCE" "EVIDENCEALL" "GENENAME" [11] "GO" "GOALL" "IPI" "MAP" "OMIM" [16] "ONTOLOGY" "ONTOLOGYALL" "PATH" "PFAM" "PMID"...
Retrieve/ID mapping工具可以实现UniProt数据库ID与其他数据库ID的互转,例如,这里仍使用上文的范例文件,将Gene ID转为UniProtKB/Swiss-Prot ID,如下图。 转换结果如下,结果中除了UniProtKB/Swiss-Prot ID还有Gene name和protein name,点击Download按钮,可下载相应的蛋白序列(fasta格式)和转换结果表格(Mapping Table)。
---filters指定输入ID的类型,attributes为输出ID的类型,listFilters(mart)#查看可以输入ID的类型,其中也包括NCBI的GeneBank数据库转录本“RefSeq mRNA ID";listAttributes(mart)可以查看输出ID的类型。 ---我的160个Transcript ID找到了全部external_gene_name(等同于clusterProfiler包的SYMBOL)。由于它是在线转换,所以需...