0057-【生物数据库】-如何进行RNA差异基因的GeneName对应转为Gene ID,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
如果是从gene name转为gene ID的话,fromType和toType分别设定为SYMBOL和ENSEMBL。反之亦然。 #人的数据库 org.Hs.eg.db name_ID = bitr(genename, fromType="SYMBOL", toType="ENSEMBL", OrgDb="org.Hs.eg.db") genename_geneID.png ps:匹配的成功率并不是100%,对于没有匹配上的基因可能就需要手动...
1 在实际应用中，我们可能需要按基因在染色体上的分布位置进行排列，或者按基因名称规律进行排列，如何在基因排列顺序打乱后Gene ID和Gene Name依然一一对应。下面是实例操作，左侧是已知的Gene ID和Gene Name，右侧我们按Gene Name进行排序，使用Excel中的VLOOKUP函数找到其对应的Gene ID。一定要清空前后字符串。2 我们...
Gene_name(Gene Symbol) NCBI_gene_ID(NCBI Entrez Gene ID) Gene_Synonym 为大家简单介绍一下这四种ID: 1 Gene_stable_ID(Ensembl gene ID) 即Ensembl数据库中对基因的命名。以智人ENSG00000275442为例,ENS为开头的固定字符,默认为Homo sapiens (Human),小鼠Mus musculus (Mouse)为ENSMUS;G表示序列的类型为ge...
Retrieve/ID mapping工具可以实现UniProt数据库ID与其他数据库ID的互转,例如,这里仍使用上文的范例文件,将Gene ID转为UniProtKB/Swiss-Prot ID,如下图。 转换结果如下,结果中除了UniProtKB/Swiss-Prot ID还有Gene name和protein name,点击Download按钮,可下载相应的蛋白序列(fasta格式)和转换结果表格(Mapping Table)。
点击submit之后，在右边栏当中选择想要转换的ID号，然后点击submit即可。g:Convert 之前我们在介绍富集分析软件的时候，提到过一个多ID的富集分析软件g:GOST。具体的数据库介绍，可以查看推送的第二条。在这个数据库里面有一个g:Convert的工具，这个工具可以让我们进行ID的转换。在这个数据库进行ID转换的话，我们不需要...
打开基因ID转换工具页面,如下图,点击选择文件按钮上传基因ID列表文件,是否有列名选择是,物种选择Homo sapiens,输入ID类型为Gene stable ID (即Ensembl gene ID),输出ID类型这里勾选Gene name (即Gene Symbol) 和 NCBI_gene_ID (即NCBI Entrez Gene ID),然后点击提交按钮。
进入david数据库:Functional Annotation Tools,点击菜单栏Shortcut to DAVID Tools→点击Gene ID Conversion,将所有基因复制左边的白框中,图1红圈里是白框位置,图2是输入格式。 图1 图2 第二步:For species框中输入Homo sapiens→点击submit to Conversion Tool。等待一会(时间稍长)。
gene_data<-merge(data,gene_name,by="ensembl_transcript_id")#ensembl_transcript_id这一列的列名均为ensembl_transcript_id write.csv(gene_data,"gene_data_name.csv" biomaRt的使用,参考另一篇:https://www.jianshu.com/p/8e044ab1707d
Uniprot基因ID/名称转换方法 1、打开uniprot网站,https://www.uniprot.org; 2、点击“Retrieve/ID mapping”,跳转页面进入ID转换界面; 3、上传ID列表,选择转换类型,进行转换; 4、查看并下载转换后的数据。 BioDBnet基因ID/名称转换方法 1、打开网站https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php; ...