GWAS称之为全基因组关联分析,传统意义上的GWAS针对单个SNP位点进行分析,来寻找与疾病或者性状相关联的SNP位点。在过去的几十年,依托高通量基因分型技术的快速发展,GWAS广泛应用于很多复杂疾病和性状的研究中,取得了不错的进展。 然而SNP水平的GWAS分析还存在着一些问题,通常情况下我们根据经验阈值,比如1X10-6,5X10-8...
GWAS称之为全基因组关联分析,传统意义上的GWAS针对单个SNP位点进行分析,来寻找与疾病或者性状相关联的SNP位点。在过去的几十年,依托高通量基因分型技术的快速发展,GWAS广泛应用于很多复杂疾病和性状的研究中,取得了不错的进展。 然而SNP水平的GWAS分析还存在着一些问题,通常情况下我们根据经验阈值,比如1X10-6,5X10-8...
Gene-Based Association (GBA) analysis是基于全基因组关联分析的一种目前GWAS可以分为基于突变(SNP,CNV,SV),基因和通路三种。其中基于突变的主要是单核苷酸多态(SNP),目前,可以使用的软件比较多,比如TASSEL,GAPIT,PLINK等。从近几年发的文章来看,和人相关的GWAS分析一般都是使用PLINK,而动植物的除了TASSEL,GAPIT外,...
Gene-based analysisGWASSLE susceptibilityANXA6Background : Previous genome-wide association studies (GWAS), which were mainly based on single variant analysis, have identified many susceptibility loci for systemic lupus erythematosus (SLE). However, the genetic architecture of this complex disease...
基因型文件1000G_EUR为PLINK格式(bed,bim,fam或者map,ped),PLINK格式还不了解?见推文GWAS分析基本流程及分析思路 准备glist-hg19.txt文件,格式如下所示: glist-hg19.txt文件出自GCTA网站,各位找不到的话在后台发送gli关键词即可获得该文件。 3、gene-based关联分析 ...
基因型文件1000G_EUR为PLINK格式(bed,bim,fam或者map,ped),PLINK格式还不了解?见推文GWAS分析基本流程及分析思路 准备glist-hg19.txt文件,格式如下所示: glist-hg19.txt文件出自GCTA网站,各位找不到的话在后台发送gli关键词即可获得该文件。 3、gene-based关联分析 ...
输入文件的格式同VEGAS2和GCTA,只需要 GWAS 结果的 P 值和 SNP id 即可 输入文件snpp包括两列,第一列是SNP的ID,第二列是SNP的P值; 输入文件snpp如下所示: 4. 开始分析 4.1 step1:基因注释 输入命令: magma --annotate --snp-loc g1000_eur.bim --gene-loc NCBI37.3.gene.loc --out g1000_eur ...
输入文件的格式同VEGAS2和GCTA,只需要 GWAS 结果的 P 值和 SNP id 即可 输入文件snpp包括两列,第一列是SNP的ID,第二列是SNP的P值; 输入文件snpp如下所示: image 4. 开始分析 4.1 step1: 基因注释 输入命令: magma --annotate --snp-loc g1000_eur.bim --gene-loc NCBI37.3.gene.loc --out g1000_...
gene-based关联分析研究是SNP-based关联分析研究的一个补充。 目前有很多工具支持gene-based关联分析研究,比如GCTA,VEGAS2等。 下面主要介绍一下怎么用VEGAS2做gene-based的关联分析研究。 先说VEGAS2的优点,输入特别简单,不需要准备太多输入文件。 缺点,我后面再提。
后缀为geneprioritization.txt的文件保存了候选基因的排序结果,按照p值从小到大排序,内容示意如下 和MAGMA等gene-based关联分析工具不同,DEPICT提供了一种新的思路,来识别gwas结果中值得深入挖掘的候选基因,并对这些基因的重要性进行排序。