通过这两种level的关联分析,可以更加有效的检测与疾病存在关联的基因或功能,而且这两种分析是建立在SNP GWAS水平的基础上的,这样方便我们对已有的GWAS分析结果进行二次分析,深入挖掘新的信息。 实现这两种分析有很多的算法,比如线性回归,逻辑回归等等,最好的办法就是使用别人已经开发好的成熟软件。MAGMA这款软件就可以实...
通过这两种level的关联分析,可以更加有效的检测与疾病存在关联的基因或功能,而且这两种分析是建立在SNP GWAS水平的基础上的,这样方便我们对已有的GWAS分析结果进行二次分析,深入挖掘新的信息。 实现这两种分析有很多的算法,比如线性回归,逻辑回归等等,最好的办法就是使用别人已经开发好的成熟软件。MAGMA这款软件就可以实...
输入文件的格式同VEGAS2和GCTA,只需要 GWAS 结果的 P 值和 SNP id 即可 输入文件snpp包括两列,第一列是SNP的ID,第二列是SNP的P值; 输入文件snpp如下所示: 4. 开始分析 4.1 step1:基因注释 输入命令: magma --annotate --snp-loc g1000_eur.bim --gene-loc NCBI37.3.gene.loc --out g1000_eur g1000...
magma --bfile /GWAS/split_chr/Middle/chr1 --gene-annot gevin.genes.annot --out gevin_gene_based_rawdata 基于SNP p-value数据的基因分析 magma --bfile /GWAS/split_chr/Middle/chr1 --gene-annot gevin.genes.annot --pval SNPassocFisher.result use=2,8 N=170 --out gevin_gene_based 参数分别...
输入文件的格式同VEGAS2和GCTA,只需要 GWAS 结果的 P 值和 SNP id 即可 输入文件snpp包括两列,第一列是SNP的ID,第二列是SNP的P值; 输入文件snpp如下所示: 4. 开始分析 4.1 step1: 基因注释 输入命令: magma --annotate --snp-loc g1000_eur.bim --gene-loc NCBI37.3.gene.loc --out g1000_eur ...
输入文件的格式同VEGAS2和GCTA,只需要 GWAS 结果的 P 值和 SNP id 即可 输入文件snpp包括两列,第一列是SNP的ID,第二列是SNP的P值; 输入文件snpp如下所示: image 4. 开始分析 4.1 step1: 基因注释 输入命令: magma --annotate --snp-loc g1000_eur.bim --gene-loc NCBI37.3.gene.loc --out g1000_...
magma --bfile /GWAS/split_chr/Middle/chr1 --gene-annot gevin.genes.annot --out gevin_gene_based_rawdata 基于SNP p-value数据的基因分析 magma --bfile /GWAS/split_chr/Middle/chr1 --gene-annot gevin.genes.annot --pval SNPassocFisher.result use=2,8 N=170 --out gevin_g...
强烈建议对数据进行清洗和异常值处理,并使用GWAS数据计算出的PC作为协变量进行基因分析,以矫正可能的群体分层。 MAGMA中的基本分析包含两到三个步骤: 第一,将SNP定位到基因上,即注释 第二,基于基因P_value的分析(gene-level analysis) 第三,基因set分析或基因property分析,或者同时做这两个分析。
3步搞定GWAS中的Gene Set Analysis GWAS中的Gene Set Analysis, 简称GSA分析,是从基因或者通路水平来进行关联分析,是建立在SNP水平的的GWAS分析结果基础上的,在更高的层次进行深入挖掘,以发现更加有用的信息。MAGMA是进行GSA分析的一款工具,其官网如下 https://ctg.cncr.nl/software/magma...
基于GWAS的分析结果做基因集富集分析。 基本代码: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 # download sumstats file from https://ctg.cncr.nl/software/summary_statistics # download NCBI37 and g1000_eur from https://ctg.cncr.nl/software/magma ...