GWAS大家都知道,Gene-Based GWAS你了解吗? GWAS称之为全基因组关联分析,传统意义上的GWAS针对单个SNP位点进行分析,来寻找与疾病或者性状相关联的SNP位点。在过去的几十年,依托高通量基因分型技术的快速发展,GWAS广泛应用于很多复杂疾病和性状的研究中,取得了不错的进展。 然而SNP水平的GWAS分析还存在着一些问题,通常...
GWAS大家都知道,Gene-Based GWAS你了解吗? GWAS称之为全基因组关联分析,传统意义上的GWAS针对单个SNP位点进行分析,来寻找与疾病或者性状相关联的SNP位点。在过去的几十年,依托高通量基因分型技术的快速发展,GWAS广泛应用于很多复杂疾病和性状的研究中,取得了不错的进展。 然而SNP水平的GWAS分析还存在着一些问题,通常...
候选基因 作者通过结合基因表达差异数据(TM-1与ZMS1)、Gene-based associate(GBA)和拟南芥功能信息对于关联区域内的基因进行了筛选和功能分析。结果发现AIL6和EIL基因与棉花产量的多个性状有关(图1.3,图1.4)。此外,GhXl-K基因与纤维品质有关(图1.5)。 图1.3.AIL6基因关联分析,表达分析结果 图1.4.EIL基因关联分析...
In the present study, we performed a gene-based analysis of the largest GWASs in the bone field to identify additional BMD-associated genes.BMD-associated genes were identified by combining the summary statistic P values of SNPs across individual genes in the two consecutive meta-analyses of GW...
估计某一表型的遗传结构目前主要的方法包括GWAS与gene-based tests。 什么因素会影响遗传结构? 表型(Phenotype.):不同的表型与遗传变异的相关联的方式不同,与环境的相互作用不同,对不同表型测量的质量的也不尽相同。这些因素都会导致观测到的遗传结构出现差异。
gene-based rare-variant burden tests是用来干什么的?Increased Burden of Rare Variants Among S-HSCR。 epistatic effects是什么? 为什么说L-HSCR是autosomal dominant?很难说是完全的线性,显隐性的关系是非常复杂的,存在不完全和剂量效应。 DNA序列角度如何看待等位基因,显隐性的关系?关于Allele(等位基因)的理解,...
之前报道的75个位点在本项研究中没有呈现出全基因组显著性，不过有19个位点 (in ATP2C2, CMIP, CNTNAP2, DCDC2, DIP2A, DYX1C1, FOXP2, KIAA0319L and PCNT) 呈现出相关性 (Bonferroni correction, P < 0.05/68.7)。另外，已报道的14个基于基因研究 (Gene-based tests) 的候选基因中，有2个基因 ...
GENE2FUNC, 该模块输入为基因列表,对基因的功能进行注释 数据分析的pipeline示意如下 对于输入的GWAS分析结果,有两条分析路线,一条是经典的挑选显著SNP位点然后进行功能注释,另外一条是进行gene-based关联分析,筛选候选的关联基因,两种策略的结果都提供了交互式的结果展示。对于筛选出来的候选基因,提供了在不同组织中的...
使用VEGAS2(Versatile Gene-based Association Study)进行gene based的研究 基于GCTA的gene-based关联分析研究 3.3.8 孟德尔随机化分析 有相关性就有因果关系吗,教你玩转孟德尔随机化分析 讲一讲孟德尔随机化分析中的敏感性分析(sensitivity analyses) 使用MR-PRESSO检验水平基因多效性(孟德尔随机化分析) ...
可参考文章A gene-based association method for mapping traits using reference transcriptome data 首先我们先从原理上介绍下这款软件的工作流程 第一步 我们对测序数据 call 出来snp以后会得到一张表格: 其中id代表每一个个体sample,rs代表基因组上被call出来的snp(每一列的rs代表同一位置的snp),用连续型变量表示...