d=toTable(org.Hs.egSYMBOL) f=merge(b,d,by='gene_id') head(f) 得到的结果如下: > head(f) gene_id GB_LIST ID symbol 1 1 W25099 338005 A1BG 2 10 NM_000015 118081 NAT2 3 100 NM_000022 494110 ADA 4 1000 NM_001792 490046 CDH2 5 10000 U79271 318033 AKT3 6 10000 NM_181690 4...
gi :”GenBank Identifier的缩写”, 是序列的ID号,标识符。唯一的。 4557284 就是该序列的gi号 ref :标示该序列是参考序列。 NM_000646.1 该序列的Accession号和版本号 在BLAST结果中, Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value gi|6226959|ref|NM_000014.3| Homo sapiens alpha-2-macr...
Gene LibraryGenomeHumanThe GenBank (Registered Trademark symbol) sequence database incorporates DNA sequences from all available public sources, primarily through the direct submission of sequence data from individual laboratories and from large-scale sequencing projects. Most submitte...
d=toTable(org.Hs.egSYMBOL) f=merge(b,d,by='gene_id') head(f) 得到的结果如下: > head(f) gene_id GB_LIST ID symbol 1 1 W25099 338005 A1BG 2 10 NM_000015 118081 NAT2 3 100 NM_000022 494110 ADA 4 1000 NM_001792 490046 CDH2 5 10000 U79271 318033 AKT3 6 10000 NM_181690 ...
gene_id GB_LIST ID symbol 1 1 W25099 338005 A1BG 2 10 NM_000015 118081 NAT2 3 100 NM_000022 494110 ADA 4 1000 NM_001792 490046 CDH2 5 10000 U79271 318033 AKT3 6 10000 NM_181690 457002 AKT3 可以看到,芯片的探针的各种ID都关联起来啦。
格式说明: gi :”GenBank Identifier 的缩写”, 是序列的 ID 号,标识符。 唯一的。 4557284 就是该序列的 gi 号 ref :标示该序列是参考序列。 NM_000646.1 该序列的 Accession 号和版本号 在 BLAST 结果中, Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value gi|6226959|ref|NM_000014.3|...
/db_xref="GeneID:2547"链接到Gene。 /db_xref="LocusID:2547"链接到Locuslink。 /db_xref="MIM:152690"链接到OMIM。 四、两个例子: Key =Location/Qualifiers CDS=23..400 ===/product="alcohol dehydrogenase" ===/gene="adhI" might be read as: The feature CDS is a coding sequence beginning...
代码语言:javascript 复制 >head(f)gene_idGB_LISTIDsymbol11W25099338005A1BG210NM_000015118081NAT23100NM_000022494110ADA41000NM_001792490046CDH2510000U79271318033AKT3610000NM_181690457002AKT3 可以看到,芯片的探针的各种ID都关联起来啦。 是不是超级简单啊!
Ifthe"<"symbolprecedesabasespan,thesequenceispartialonthe5'end(e.g.,CDS<1..206).Ifthe">"symbolfollowsabasespan,thesequenceispartialonthe3'end(e.g.,CDS435..915>.4、/db_xref:其字符串是通往其他数据库的链接。/db_xref="taxon:9606"taxonomy物种分类学/db_xref="GeneID:2547"链接到Gene。/db...
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