ids$symbol <- g2s[match(ids$geneid,g2s$geneid),2] #match返回其第二个参数中第一个参数匹配的位置,把g2s的geneid按照ids$geneid的顺序一个个取出来,从而得到ids$symbol这一列 ids <- ids[order(ids$symbol,ids$median,decreasing = T),] #将ids按照symbol排序,再把ids$symbol按照ids$median由大...
有趣的基因命名(gene symbol ) gene symbol是非常官方的,由HUGO 组织负责维护,有专门的数据库HGNC database of human gene names | HUGO 以前分析数据的时候,有一些基因的symbol很奇怪,让我百思不得其解,比如: C orf 系列基因, HS.系列基因, KRTAP系列基因, LOC系列基因, MIR系列基因, LINC系列基因 它们往...
library(clusterProfiler)ego4<-enrichKEGG(gene=na.omit(a2$ENTREZID),organism="hsa",pvalueCutoff=1,qvalueCutoff=1)ego4@result EntrezID 转换 如何将结果中的Gene ID列转换为我们熟悉的Gene Symbol呢,可以这样处理: y<-setReadable(ego4,OrgDb=org.Hs.eg.d...
Sema4a Ly6a Ly6c Ly9 Ly96 Ptprc Ptprj CD2 CD3d CD3e CD3g CD47 CD53 CD72 Costimulation Gene symbol Cd28 Pdcd1 Pdcd2 Cd274 Cytokine/Chemokine Signaling Gene name interleukin 2 interleukin 2 receptor, alpha (CD25) interleukin 9 receptor (CD129) interleukin 10 receptor, alpha chemokine (C-C ...
Gene symbolE, M
进行ENSG到genesymbol的转换，首先需要准备一个包含ENSG与genesymbol对应关系的数据库或文件。使用此数据库，可以进行一对一或一对多的映射。在R语言中，可以使用`read.table`或`read.csv`函数加载数据，并使用`match`函数进行映射。示例代码如下：R 加载数据 ensg_data <- read.csv("ENSG_to_GeneSymbo...
GeneSymbol Representative PublicID UniGeneID GeneTitle ACE M26658 Hs.298469 angiotensinIconvertingenzyme(peptidyl-dipeptidaseA)1 ACE2 NM_021804 Hs.178098 angiotensinIconvertingenzyme(peptidyl-dipeptidaseA)2 ACTA2 NM_001613 Hs.500483 actin,alpha2,smoothmuscle,aorta ...
下载的文件,可选择primary gene names,表中的基因名会更简洁,基本是标准的黑体。 12:38 用空格分列基因名 用空格分列后,只保留前面的黑体基因名。 14:15 用(分列蛋白名 英文括号。分隔符号的“Tab键”是勾上的。 23:10 去除后方小空格 函数RIM(D1),选中整列,ctrl+回车,整列就都填充了函数。复制粘贴选择...
TCGA 数据库中的基因编号采用的Esembl 的编号,但是有些分析软件,需要输入的基因编号是 gene symbol ,这就需要将Esemble 的ID 转换成gene symbol 。 采用clusterProfiler 进行转换: # 加载相关软件包> library(clusterProfiler) > library(org.Hs.eg.db)# org.Hs.eg.db 包提供的ID转换类型> keytypes(org.Hs....
获取human gene symbol主要通过RefSeq数据库，此数据库提供全面、整合、无冗余、注解良好的序列集，包括基因组DNA、转录本和蛋白质，成为医学、功能和多样性研究的基础。RefSeq序列为基因注释、基因识别与表征、突变和多态性分析（特别是RefSeqGene记录）、表达研究和比较分析提供了稳定参考。在使用时，需注意...