GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc.cancer.gov/ 数据来源于以下多个大型癌症研究组织和项目 Foundation Me...
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc.cancer.gov/ 数...
TCGA数据下载教程:使用官方gdc-client软件下载 要是有gdc-client软件下载数据,需要以下三步才能完成: 1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件 TCGA改版后,下载方式变得大为不同,数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中,网址:https://portal.gdc.cancer.gov/ 建议大家先从Exploration页面筛选数据再...
选择合适的工具和资源,可以帮助您更高效地完成数据挖掘和分析工作。 九、案例研究 通过具体的案例研究,您可以更好地理解如何在GDC数据库中挖掘临床数据。例如,一项研究可以通过分析TCGA数据库中的乳腺癌数据,探索某种基因突变对患者生存率的影响。研究人员可以从GDC数据库下载乳腺癌患者的临床数据和基因组数据,进行数据处...
TCGA的数据可以通过API访问, 每个数据都有对应的多个属性,比如文件id(file_id), 病人编号(case_id以及barcode),case_id 和file_id 都是采用的UUID进行标记, barcode即submitter_id. 在GDC的首页选中一些DNA甲基化数据,如下: 可以看到数据包含了一个Cases, 两个Files,这里面选择的项目是TCGA-COAD,这是来自结肠癌...
使用GDC下载TCGA肿瘤患者的临床信息 在GDC中,对肿瘤患者的临床信息进行了标准化,分成了以下7个类别 Demographic Diagnosis Exposure Family History 在以下链接中,提供临床信息的具体列表,共有200多项 https://gdc.cancer.gov/about-data/data-harmonization-and-generation/clinical-data-harmonization...
要访问GDC Legacy Archive,首先需要访问GDC的官方网站:https://portal.gdc.cancer.gov/。在GDC主页上,点击“Legacy Archive”链接,即可进入GDC Legacy Archive的页面。 3. 搜索和筛选数据 在GDC Legacy Archive页面上,您可以通过多种方式搜索和筛选TCGA数据。以下是一些常用的搜索和筛选方法: ...
通过GDC Legacy Archive下载TCGA原始数据 在2016年之前,TCGA项目的相关结果文件存放在CGhub和TCGA Data Coordinating Center简称DCC提供的TCGA Data Portal中,当时的结果是以hg19或者hg18为参考得到的。 在DCC中,将数据划分为了3个等级。level 1代笔原始的,未经处理的数据的,比如芯片下机数据;level2 代表处理的中间...
API是应用程序编程接口,很多的网站都有对应的API,方便程序抓取数据,比如NCBI, EBI, KEGG等等,GDC也有对应的API, 可以方便的查询和下载TCGA的数据,API的网址如下 https://gdc.cancer.gov/developers/gdc-application-programming-interface-api API都有一个base url, 通过base url加上内置的指令,可以实现特定数据集的...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows和Ubuntu的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 RedHat...