GDC Hub与TCGA hub中数据更新时间不同,并且目前两种数据都不是TCGA官方数据库中最新版本数据(最新版为2023.12.4的v39.0)。 ① GDC TCGA Colon Cancer (COAD) ② TCGA Colon Cancer (COAD) ① GDC hub version:2019.7.19。其方式等同于在 2019年7月19日使用 api方法从官网下载了数据。该数据对应TCGA官方数据的...
https:///hub/ 这里面实际上是个数据库,有很多其他数据,我们点击TCGA hub后是这样的 点击任意肿瘤就进入下载界面,里面有甲基化,CNV,外显子,转录组等,假如下载的是转录组数据就往下翻。
https://xenabrowser.net/hub/ 这里面实际上是个数据库,有很多其他数据,我们点击TCGA hub后是这样的 点击任意肿瘤就进入下载界面,里面有甲基化,CNV,外显子,转录组等,假如下载的是转录组数据就往下翻。 点击进去: 这个数据是已经是整理好的行列式了,在download那里可以直接下载,我要注意的是,这个数据是log化后的...
在GDCRNATools中,内置了一些功能,供用户下载和处理GDC数据。用户还可以使用自己的数据,这些数据来源于UCSC Xena GDC hub,TCGAbiolinks或TCGA-Assembler等。 在这里,我们使用一个小的数据集来进行ceRNAs网络分析的最基本步骤。 01 数据准备工作 1、 HTSeq-Counts data的标准化 代码语言:javascript 复制 library(DT)##...