步骤1:下载软件 进入官网GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)下载Linux版本GDC Data Transfer Tool 我们要下载的是其中的gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64版本,这是2023年9月26日时GDC Data Transfer Tool的最新版本 打开linux shell,输入以下指令下载压缩包 wget https://gdc.cancer....
统计 TCGA下载工具GDC Data Transfer Tool在Linux服务器的下载安装以及使用 1.下载:wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 2.解压: unzip -n gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 3.验证是否成功: ./gdc-client --help4. ./gdc-client download -m [manifes...
首先，访问GDC Data Transfer Tool官网（cancer.gov）下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64，日期为2023年9月26日。在Linux服务器的终端中，输入以下命令以下载压缩包：如果下载速度慢，考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包，然后通过winscp...
GDC Data Transfer Toolgdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 实现过程: 1.下载gdc-client的压缩文件; gdc-client_v1.4.0_Windows_x64.zip 2.将上述压缩文件copy到一个英文文件名称的文件夹内,并解压在该压缩文件名称的文件夹内; 3.将下载的manifest.txt文件复制到上述英文文件名的文件夹内;...
gdc-client 下载TCGA数据 最近GDC网站的API接口不太稳定,导致TCGAbiolinks 软件包无法和服务器链接,下载不了数据。遇到这种情况,只能采用GDC Data Transfer Tool(gdc-client) 下载数据了。下载方法可以参考如下: 1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上运行,下载下来,安装既可...
https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 根据自己的机器选择版本,我使用的是服务器因此选择Linux版的: # download wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Ubuntu_x64-py3.7_0.zip # unzip unzip gdc-client_v1.6.0_Ubuntu_x64-py3.7_0.zip ...
一、GDC Data Transfer Tool下载 GDC Data Transfer Tool是TCGA官方基于python开发的下载程序,在TCGA官网GDC部分可以找...
GDC Data Transfer Tool (gdc-client) Overview of the GDC Data Transfer Tool The gdc-client provides several convenience functions over the GDC API which provides general download/upload via HTTPS. GDC Data Transfer Tool (gdc-client) Building the gdc-client Instructions Executing unit tests Instal...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 ...
gdc-client软件安装和配置 下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载Mac版本。 将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在了Documents/TCGA数据下载中 下载数据 在GDC官网:https://portal.gdc.cancer.gov 中找到自己所需要的...