步骤1:下载软件 进入官网GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)下载Linux版本GDC Data Transfer Tool 我们要下载的是其中的gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64版本,这是2023年9月26日时GDC Data Transfer Tool的最新版本 打开linux shell,输
一、下载安装 访问官网下载：访问GDC Data Transfer Tool的官网，下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，例如gdcclient_v1.6.1_Ubuntu_x64。下载命令：在Linux服务器的终端中，输入相应的命令以下载压缩包。若下载速度慢，可考虑在Windows系统上使用加速工具下载后，通过WinSCP等工具将...
在TCGA数据下载过程中,会提示使用Download a manifest for use with the GDC Data Transfer Tool实现过程: 1.下载gdc-client的压缩文件; gdc-client_v1.4.0_Windows_x64.zip 2.将上述压… 阿湘 TCGA系列之整合数据 gdc-client下载的数据是一堆文件夹,如下: 这不是我们想要的数据啊,接下来,小编就教大家如何用...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows和Ubuntu的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 RedHat...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...
Overview of the GDC Data Transfer Tool The gdc-client provides several convenience functions over the GDC API which provides general download/upload via HTTPS. Building the gdc-client There is a bash script inside the ./bin directory of this repository namedpackagethat does most of the heavy lif...
下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载Mac版本。 将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在了Documents/TCGA数据下载中 下载数据 在GDC官网:https://portal.gdc.cancer.gov 中找到自己所需要的数据,比如HNSC的miRNA数据。
https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 该软件是一个命令行工具,支持windows, linux, mac OS多种操作系统,可以通过以下两种方法来下载文件 1. Manifest 首先通过GDC在线数据库筛选自己感兴趣的数据集,然后通过购物车图标将数据集添加到购物车中,示意如下 ...
Select 'Files' in the main page and add everything (or part of data) into the Cart Click on the Cart (right-corner of the page) Under 'Download' section, download the manifest file. Download GDC Data Transfer ToolDownload Page for GDC-Data-Transfer-Tool: https://gdc.cancer.gov/access...
一、GDC Data Transfer Tool下载 GDC Data Transfer Tool是TCGA官方基于python开发的下载程序,在TCGA官网GDC部分可以找到:https://portal.gdc.cancer.gov 根据自己的操作系统下载 二、运行GDC Data Transfer Tool(Windows操作系统) 将下载下来的压缩包进行解压缩,得到gdc-client.exe。将MANIFEST.txt文件和gdc-client.ex...