1.下载:wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip2.解压:unzip -n gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip3.验证是否成功:./gdc-client
步骤1:下载软件 进入官网GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)下载Linux版本GDC Data Transfer Tool 我们要下载的是其中的gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64版本,这是2023年9月26日时GDC Data Transfer Tool的最新版本 打开linux shell,输入以下指令下载压缩包 wget https://gdc.cancer....
首先,访问GDC Data Transfer Tool官网(cancer.gov)下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本,即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64,日期为2023年9月26日。在Linux服务器的终端中,输入以下命令以下载压缩包:如果下载速度慢,考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包,然后通过winscp...
一、GDC Data Transfer Tool下载 GDC Data Transfer Tool是TCGA官方基于python开发的下载程序,在TCGA官网GDC部分可以找...
下载的manifest文件,也就是你下载的cart文件的主要信息,因为网页下载的话太慢了,导入GDC Data Transfer Tool里面: 点download即可 失败的日志 成功的日志 你的cart小于5GB,那么中规中矩直接点跟manifest下面的cart即可 这个matedata也要下 下面讲讲临床数据的下载: ...
Overview of the GDC Data Transfer Tool The gdc-client provides several convenience functions over the GDC API which provides general download/upload via HTTPS. Building the gdc-client There is a bash script inside the ./bin directory of this repository namedpackagethat does most of the heavy lif...
In the special case of executing portal_client on an EC2 instance on Amazon AWS, it's faster and more economical to retrieve data from S3, since there are no egress charges applied to such transfer. Therefore, the portal_client is configured to automatically detect when it is invoked on Am...