统计 TCGA下载工具GDC Data Transfer Tool在Linux服务器的下载安装以及使用 1.下载:wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 2.解压: unzip -n gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 3.验证是否成功: ./gdc-client --help4. ./gdc-client download -m [manifes...
一、GDC Data Transfer Tool下载 GDC Data Transfer Tool是TCGA官方基于python开发的下载程序,在TCGA官网GDC部分可以找...
步骤1:下载软件 进入官网GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)下载Linux版本GDC Data Transfer Tool 我们要下载的是其中的gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64版本,这是2023年9月26日时GDC Data Transfer Tool的最新版本 打开linux shell,输入以下指令下载压缩包 wget https://gdc.cancer....
首先，访问GDC Data Transfer Tool官网（cancer.gov）下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64，日期为2023年9月26日。在Linux服务器的终端中，输入以下命令以下载压缩包：如果下载速度慢，考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包，然后通过winscp...
大于5GB的文件要通过GDC Data Transfer Tool下载 这里给出GDC Data Transfer Tool的下载页面,根据自己的系统选择合适的交互界面,也就是UI界面,这里同时要下载左边的client脚本,否则交互界面没什么作用。 mac是这个 你接下来要把这个东西放到.dtt的文件夹里,至于为什么是.dtt,是因为一开始没下这个东西,然后报错说: ...
gdc-client 下载TCGA数据 最近GDC网站的API接口不太稳定,导致TCGAbiolinks 软件包无法和服务器链接,下载不了数据。遇到这种情况,只能采用GDC Data Transfer Tool(gdc-client) 下载数据了。下载方法可以参考如下: 1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上运行,下载下来,安装既可...
https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 使用官网提供的工具gdc-client ,下载自己电脑对应的版本,存放于工作目录下并解压好。 查看帮助文档./gdc-client --help # commands: # {download,upload,settings} # for more information, specify -h after a command # download download data fro...
使用gdc-client批量下载TCGA数据 欢迎关注”生信修炼手册”! GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集,当需要下载数据量较大的TCGA数据时,必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...
下载安装 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 根据自己的机器选择版本,我使用的是服务器因此选择Linux版的: # download wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Ubuntu_x64-py3.7_0.zip # unzip ...