步骤1:下载软件 进入官网GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)下载Linux版本GDC Data Transfer Tool 我们要下载的是其中的gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64版本,这是2023年9月26日时GDC Data Transfer Tool的最新版本 打开linux shell,输入以下指令下载压缩包 wget https://gdc.cancer....
首先，访问GDC Data Transfer Tool官网（cancer.gov）下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64，日期为2023年9月26日。在Linux服务器的终端中，输入以下命令以下载压缩包：如果下载速度慢，考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包，然后通过winscp...
一、GDC Data Transfer Tool下载 GDC Data Transfer Tool是TCGA官方基于python开发的下载程序,在TCGA官网GDC部分可以找...
网页右上角部分有一个:GDC Data Transfer Tool,点击它 找到这个: 选择你的电脑系统,这里我的是linux系统(选择Ubuntu_x64),其他系统还请自行摸索或查阅其他文章(windows系统请参阅:使用官方gdc-client软件下载TCGA数据),复制下载地址,然后: #下载 $ wget https://gdc.cancer.gov/system/files/authenticated%20user...
GDC Data Transfer Toolgdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 实现过程: 1.下载gdc-client的压缩文件; gdc-client_v1.4.0_Windows_x64.zip 2.将上述压缩文件copy到一个英文文件名称的文件夹内,并解压在该压缩文件名称的文件夹内;
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 ...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...
# https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool mkdir-p~/biosoft/gdc_client cd~/biosoft/gdc_client/wget https://gdc.cancer.gov/system/files/authenticated%20user/0/gdc-client_v1.3.0_OSX_x64.zip wget https://gdc.cancer.gov/system/files/authenticated%20user/0/gdc-client_v1.3...
1.下载软件地址:/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载Mac版本。 2. 3.将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在了Documents/TCGA数据下载中 下载数据 1.在GDC官网:https://portal. 中找到自己所需要的数据,比如HNSC的miRNA数据。然后下载Manifest到刚刚软件...
正八经的官网:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool image.png 注:windows、redhat、ubuntu、mac的都可以下载使用 windows用户安装使用 windows用户,下载的是一个gdc-client.exe文件 1.存放exe与txt 例如,我随便找一个文件夹,文件夹地址是:E:\workspace\gdc,我把源文件(txt)与客户端exe...