TCGA下载工具GDC Data Transfer Tool在Linux服务器的下载安装以及使用 1.下载:wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 2.解压: unzip -n gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 3.验证是否成功: ./gdc-client --help4. ./gdc-client download -m [manifest文件...
使用GDC Data Transfer Tool下载TCGA的数据。搜到的教程要么界面是旧的,要么比较复杂看得我有点晕。自己摸索了一下,算是我自己的学习笔记。希望能帮助到别人。, 视频播放量 1105、弹幕量 1、点赞数 21、投硬币枚数 16、收藏人数 31、转发人数 5, 视频作者 慕婉枫, 作者简
步骤1:下载软件 进入官网GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)下载Linux版本GDC Data Transfer Tool 我们要下载的是其中的gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64版本,这是2023年9月26日时GDC Data Transfer Tool的最新版本 打开linux shell,输入以下指令下载压缩包 wget https://gdc.cancer....
一、下载安装 访问官网下载：访问GDC Data Transfer Tool的官网，下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，例如gdcclient_v1.6.1_Ubuntu_x64。下载命令：在Linux服务器的终端中，输入相应的命令以下载压缩包。若下载速度慢，可考虑在Windows系统上使用加速工具下载后，通过WinSCP等工具将...
首先，访问GDC Data Transfer Tool官网（cancer.gov）下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64，日期为2023年9月26日。在Linux服务器的终端中，输入以下命令以下载压缩包：如果下载速度慢，考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包，然后通过winscp...
Overview of the GDC Data Transfer Tool The gdc-client provides several convenience functions over the GDC API which provides general download/upload via HTTPS. Building the gdc-client There is a bash script inside the ./bin directory of this repository namedpackagethat does most of the heavy lif...
在GDCRNATools中,提供了gdc-client方法通过指定data.type和project.id参数自动下载数据。 直接运行如下代码可能会报错,是因为R包内的gdc-client版本过低,我们需要自己下载新版本的gdc-client,解压后替换掉原来的gdc-client_v1.3.0,下载地址是:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool ...
GDC数据库提供了多种数据下载选项,包括直接下载和使用GDC Data Transfer Tool进行批量下载。直接下载适合小规模的数据集,而GDC Data Transfer Tool则更适合大规模数据集的下载。下载过程中,您可以选择需要的数据类型,如临床数据、基因组数据、转录组数据等。确保您选择的数据格式符合您的分析需求,如CSV、TSV或JSON等。
GDC Data Transfer Toolgdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 实现过程: 1.下载gdc-client的压缩文件; gdc-client_v1.4.0_Windows_x64.zip 2.将上述压缩文件copy到一个英文文件名称的文件夹内,并解压在该压缩文件名称的文件夹内; 3.将下载的manifest.txt文件复制到上述英文文件名的文件夹内...
最近GDC网站的API接口不太稳定,导致TCGAbiolinks 软件包无法和服务器链接,下载不了数据。遇到这种情况,只能采用GDC Data Transfer Tool(gdc-client) 下载数据了。下载方法可以参考如下: 1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上运行,下载下来,安装既可以使用,非常的方便,下载链...