步骤1:下载软件 进入官网GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)下载Linux版本GDC Data Transfer Tool 我们要下载的是其中的gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64版本,这是2023年9月26日时GDC Data Transfer Tool的最新版本 打开linux shell,输入以下指令下载压缩包 wget https://gdc.cancer....
统计 TCGA下载工具GDC Data Transfer Tool在Linux服务器的下载安装以及使用 1.下载:wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 2.解压: unzip -n gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 3.验证是否成功: ./gdc-client --help4. ./gdc-client download -m [manifes...
首先，访问GDC Data Transfer Tool官网（cancer.gov）下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64，日期为2023年9月26日。在Linux服务器的终端中，输入以下命令以下载压缩包：如果下载速度慢，考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包，然后通过winscp...
一、GDC Data Transfer Tool下载 GDC Data Transfer Tool是TCGA官方基于python开发的下载程序,在TCGA官网GDC部分可以找...
下载的manifest文件,也就是你下载的cart文件的主要信息,因为网页下载的话太慢了,导入GDC Data Transfer Tool里面: 点download即可 失败的日志 成功的日志 你的cart小于5GB,那么中规中矩直接点跟manifest下面的cart即可 这个matedata也要下 下面讲讲临床数据的下载: ...
在TCGA数据下载过程中,会提示使用Download a manifest for use with the GDC Data Transfer Tool实现过程: 1.下载gdc-client的压缩文件; gdc-client_v1.4.0_Windows_x64.zip 2.将上述压… 阿湘 TCGA系列之整合数据 gdc-client下载的数据是一堆文件夹,如下: 这不是我们想要的数据啊,接下来,小编就教大家如何用...
GDC数据库提供了多种数据下载选项,包括直接下载和使用GDC Data Transfer Tool进行批量下载。直接下载适合小规模的数据集,而GDC Data Transfer Tool则更适合大规模数据集的下载。下载过程中,您可以选择需要的数据类型,如临床数据、基因组数据、转录组数据等。确保您选择的数据格式符合您的分析需求,如CSV、TSV或JSON等。
最近GDC网站的API接口不太稳定,导致TCGAbiolinks 软件包无法和服务器链接,下载不了数据。遇到这种情况,只能采用GDC Data Transfer Tool(gdc-client) 下载数据了。下载方法可以参考如下: 1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上运行,下载下来,安装既可以使用,非常的方便,下载链...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 ...
第一步: 在 GDC网站上下载GDC Data Transfer Tool 第二步: 将数据加载到 GDC cart, 下载 cart中的manifest file 和 metadata 第三步: 通过manifest file,用gdcRNADownload()函数下载 自动下载 通过在gdcRNADownload()函数中指定RNAseq 和 miRNAs data数据的project.id和data.type自动下载GDC Data Transfer Tool...