步骤1:下载软件 进入官网GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)下载Linux版本GDC Data Transfer Tool 我们要下载的是其中的gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64版本,这是2023年9月26日时GDC Data Transfer Tool的最新版本 打开linux shell,输入以下指令下载压缩包 wget https://gdc.cancer....
1.下载:wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip2.解压:unzip -n gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip3.验证是否成功:./gdc-client
首先,访问GDC Data Transfer Tool官网(cancer.gov)下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本,即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64,日期为2023年9月26日。在Linux服务器的终端中,输入以下命令以下载压缩包:如果下载速度慢,考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包,然后通过winscp...
一、GDC Data Transfer Tool下载 GDC Data Transfer Tool是TCGA官方基于python开发的下载程序,在TCGA官网GDC部分可以找...
下载的manifest文件,也就是你下载的cart文件的主要信息,因为网页下载的话太慢了,导入GDC Data Transfer Tool里面: 点download即可 失败的日志 成功的日志 你的cart小于5GB,那么中规中矩直接点跟manifest下面的cart即可 这个matedata也要下 下面讲讲临床数据的下载: ...
GDC数据库提供了多种数据下载选项,包括直接下载和使用GDC Data Transfer Tool进行批量下载。直接下载适合小规模的数据集,而GDC Data Transfer Tool则更适合大规模数据集的下载。下载过程中,您可以选择需要的数据类型,如临床数据、基因组数据、转录组数据等。确保您选择的数据格式符合您的分析需求,如CSV、TSV或JSON等。
(TCGA数据库在数据下载有规定:让Cart文件夹大于50M时,只能通过Data Transfer Tool工具进行下载。所以我这次要使用Data Transfer Tool工具来下载数据。) 首先点击上图中Manifest 这时候会下载一个包含所有文件名的小txt文件,是后面下载TCGA数据所必须准备的。我下载保存到下面文件夹了: 安装配置 Data Transfer Tool 如何...
GDC Data Transfer Tool (gdc-client) Overview of the GDC Data Transfer Tool The gdc-client provides several convenience functions over the GDC API which provides general download/upload via HTTPS. Building the gdc-client There is a bash script inside the ./bin directory of this repository named...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 ...
GDC Data Transfer Toolgdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 实现过程: 1.下载gdc-client的压缩文件; gdc-client_v1.4.0_Windows_x64.zip 2.将上述压缩文件copy到一个英文文件名称的文件夹内,并解压在该压缩文件名称的文件夹内;