index命令用于对VCF文件建立索引,要求输入的VCF文件必须是使用bgzip压缩之后的文件,支持.csi和.tbi两种索引,默认情况下建立的索引是.csi格式, 用法如下 bgzip view.vcf bcftools index view.vcf.gz 运行成功后,会生成索引文件view.vcf.gz.csi。如果需要建立.tbi格式的索引,用法如下 bcftools index -t view.vcf.gz...
#下载下来的其实是.gz文件,后续命令可以直接调用gz文件,也可以解压之后再调用,但必须每个都先做index,出来.idx文件,不然做VQSR的时候会报错 $ gatk IndexFeatureFile -I resources_broad_hg38_v0_Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf 3. 网站上直接下下来的,虽然后缀是vcf,但有可能实际上是gz文件...
gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index 一、报错详情 操作: 对GATK call变异后的vcf文件进行过滤,首先使用了bcftools的vcfutils.pl进行过滤,并使用gzip生成了vcf.gz的压缩文件,之后用GATK对该文件进行...
gatk --java-options "-Xmx50g" IndexFeatureFile -I demo.g.vcf
1.2 提取前面的失败的文件中可用的染色体的vcf gatk可以提取指定染色体的vcf文件。(无论是vcf或者是vcf.gz都可以,但是文件名一定要和格式对应。是压缩的,就是gz,这样gatk会自动解压缩) gatk操作vcf之前需要建立索引文件,picard不一定需要。 建立失败vcf的索引 成功的vcf会自动构建索引 #失败在第7条染色体,所以这样...
pop.raw.vcf.gz 注：gatk4.0以后GenotypeGVCFs只能接受single-sample GVCF ，若有多个g.vcf 可以...
time /Tools/common/bin/tabix -p vcf /Project/201802_wgs_practice/output/E.coli/E_coli_K12.vcf.gz bgzip压缩完成之后,原来的VCF文件会被自动删除。 为了保持一致,现在再看一下完成到这里之后我们的目录长什么样了,供大家对照。 ./201802_wgs_practice/ ...
samtools index ${sample}.bam 当然,vcf文件只是记录变异而已,变异一定要进行注释: ls/home/jianmingzeng/data/project/wes/variation/*_filtered_PASS.*.vcf |while read id do file=$(basename $id ) sample=${file%.*} echo $sample java -jar ~/biosoft/SnpEff/snpEff/snpEff.jar -i vcf GRCh37.75...
gatk GenotypeGVCFs -R $ref -V ${sampleName}.g.vcf.gz -O raw_variants.vcf.gz # 多样本使用参数-V gendb://database 也就是上一步建的数据库名,单样本直接用gvcf文件 可以看看最后生成的VCF文件: 文件解读放在最后过滤和拆分SNP和INDEL的时候再说,这里是初步得到变异信息,需要经过过滤和筛选。
FASTQ文件是生成VCF文件的起点。测序数据（FASTQ格式）首先需要经过质量控制和过滤，然后比对到参考基因组，...