Command: java -Djava.io.tmpdir=/work/TMP \ -Xmx40g -jar ~/bin/gatk-4.0.8.1/gatk-package-4.0.8.1-local.jar \ GenomicsDBImport \ -V /work/Analysis/III_3P_RG_DupMark.raw.snps.indels.g.vcf \ -V /work/Analysis/IV_11N_RG_DupMark.raw.snps.indel...
如果您只希望看到一个或多个文件的碎片化程度，请使用 -a 开关令 Contig分析碎片。使用 –s 开关，可以在用通配符指定文件名时递归执行子目录处理。例如，要对 c:\winnt 下的所有 DLL 文件进行碎片整理，您可以输入“contig -s c:\winnt\*.dll”。-q 开关覆盖 -v 开关，使 Contig在“静默”模式...
紧接着,是Mutect算法过滤/FilterMutectCalls,生成:filtered.vcf gatk FilterMutectCalls-R ref.fasta -V unfiltered.vcf -O filtered.vcf 因为Mutect2在后台创建了unfiltered.vcf.stats,并且FilterMutectCalls也知道去寻找它。 然而,如果在集群或云(Cluster/Cloud)上运行,则需要跟踪stats文件。例如,你需要将它从VM...
V. — Data on seasonal activity of adults, nymphs and larvae of the sheep tick Ixodes ricinus Linnaeus are presented based on examination of our own collections for the period from 1977 to 2001 and archival materials for the period from 1953 to 2000, as well as data on changes in its ...
GATK4.0明显比GATK3.5 Call出的SNV的数量多。vep -i merge_sort_dedup_GATK_v4.0.vcf -o tmp4.out --cache --cache_version 82 --offline --vcf vep注释命令 通过vep分别对GATK4.0和GATK3.5的SNV注释，统计属于外显子的SNV的数量。同样的，注释后GATK4.0还是明显比GATK3.5 Call...
NEXome XP Panel v1.0 是一款增强型扩展版全外显子捕获 Panel,在 NEXome Core Panel 的基础之上,扩展了对非编码区 ClinVar 位点、GENCODE 注释编码区以及免疫球蛋白和 T 细胞受体基因座的覆盖,同时包含了全基因组 SNP 骨架、实体瘤常见基因融合相关的内含子区域、经典微卫星位点等,覆盖人类基因组约 45.9 Mb ...
The docker image is stored as duplexa/gatk_env:v1 on hub.docker.com. Prerequisites docker daemon The resource files in aws S3://maestro-resources/ must be mounted to the docker container as /resources/. Installed software programs The following programs are pre-installed under /usr/local/bin...
/bin/bash -l#SBATCH -J bwa_index#SBATCH --partition comp#SBATCH -N 1#SBATCH -n 1#SBATCH --output=bwa_index.logcd /home/data/human/#构建BWA比对所需的参考基因组的index数据库time bwa index b37_human_g1k_v37.fasta#创建fasta序列格式索引samtools faidx b37_human_g1k_v37.fasta...
《晚间天气预报》 20170928 《早间天气预报》 20170929 《午间天气预报》 20170929 《晚间天气预报》 20170929 《早间天气预报》 20170930 《午间天气预报》 20170930 《晚间天气预报》 20170930 《早间天气预报》 20171001 《午间天气预报》 20171001 《晚间天气预报》 20171001 《早间天气预报》 20171002 《午间天气预报》...
基因组测序大数据分析是精准医疗临床治疗的基础,精准医疗是一种通过基因数据分析,从而精确寻找到疾病的原因和治疗方法的医疗模式.GATK(Genome Analysis Toolkit)是基因组测序大数据分析中最常用的软件之一,是几乎所有类型的基因数据分析的必备分析工具.然而,GATK的运行速度极为缓慢,极大地限制了其在临床医疗实践中的作用.本...