GATK(Genome Analysis Toolkit)是一种用于分析高通量测序数据的软件工具包,它提供了一系列的工具用于变异检测,SNP和INDEL检测,深度覆盖度分析等。GATK最初由Broad Institute开发,目前已经成为了分析测序数据的标准工具之一 GATK的使用方法主要包括以下几个步骤: 1. 准备数据:首先要准备测序数据,包括测序
越来越多研究表明线粒体基因组(mtDNA)变异可引起糖尿病、肿瘤、神经退行性疾病、衰老等多种疾病的发生。线粒体基因组相比核基因组的几个特征:异质性、环状基因组以及核线粒体DNA片段(NUMTs, Nuclear Mitochondrial DNA segments)的存在,使得原本的核基因组变...
在Linux系统中安装GATK(Genome Analysis Toolkit)可以按照以下步骤进行。请确保你拥有足够的权限来执行这些操作,通常需要以root用户或使用sudo命令。 1. 确认Linux系统版本和架构 首先,确认你的Linux系统版本和架构(如x86_64)。这可以通过运行以下命令来完成: bash uname -a 2. 下载GATK安装包 前往GATK官方下载页面...
最后结果相乘;而G(C/A)为突变基因矩阵每一行的前后两个元素相加,再除以2,最后结果相乘,以此类推,最后将这些基因型的似然值相加,得到0.002116 最后用贝叶斯公式计算每个碱基突变类型的概率值,
也有部分高通量数据,而这部分高通量数据是无法使用GEO2R在线进行分析的:GEO数据分析--非GEO2R数据(1),GEO数据分析--非GEO2R数据(2)。TCGA数据库中,小伙伴接触最多的也是RNAseq产生的表达矩阵,在之前的教程中和培训课上,我们使用的均为每个患者相应组织的RNAseq数据。这些均为下机数据经分...
GATK(Genome Analysis Toolkit)是一款用于几乎所有受控制的和重组DNA技术的下游分析的强大的软件工具包,由Broad Institute设计,全面支持NGS测序数据分析。GATK是一种实用程序,是由Broad Research Institute提供的现有的工具整合而成,采用定向定制算法来处理测序数据。目前,GATK已经出现了几个主要版本,其中包括2.8,4.0和4.1、...
GATK使用方法详解（原始数据的处理）1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对（mapping）对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping。Bwa比对步骤大致如下：（1）对参考基因组构建索引：例子：bwa index -a bwtsw hg19.fa。最后生成文件：hg19.fa.amb、hg19.fa.ann、hg19.fa.bwt、hg19.fa.pac和hg19.fa.sa。构建...
sxndzsr 采纳率:75% 擅长: 生物学 C/C++ VB 购物 其他回答 是一种可以发现indel与SNP的集成软件,功能非常强大! 放虎小子 | 发布于2012-12-25 举报| 评论 4 0 驱动器 董晓美 | 发布于2011-03-27 举报| 评论 0 2 为您推荐: !是什么意思数学 这个!号代表什么意思 涅槃的意思 冬至是什...
如果您只希望看到一个或多个文件的碎片化程度，请使用 -a 开关令 Contig分析碎片。使用 –s 开关，可以在用通配符指定文件名时递归执行子目录处理。例如，要对 c:\winnt 下的所有 DLL 文件进行碎片整理，您可以输入“contig -s c:\winnt\*.dll”。-q 开关覆盖 -v 开关，使 Contig在“静默”模式...
商标名称 GATK 国际分类 第09类-科学仪器 商标状态 领土延伸 申请/注册号 G1379383 申请日期 2017-12-14 申请人名称(中文) THEBROADINSTITUTE,INC. 申请人名称(英文) - 申请人地址(中文) 415 Main Street Cambridge MA 02142 申请人地址(英文) - 初审公告期号 - 初审公告日期 - 注册公告期号 - 注册公告日...