使用conda安装GATK(Genome Analysis Toolkit)的步骤如下: 打开终端或命令提示符: 确保你已经打开了终端或命令提示符,这是执行安装命令的必要环境。 输入安装GATK的命令: 在终端或命令提示符中,输入以下命令来安装GATK: bash conda install -c bioconda gatk 这个命令会从bioconda频道下载并安装
现在下载gatk 也很方便了,可以在官网:Getting started with GATK4 – GATK[6] 也可以直接使用conda 下载最新版: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 conda install-y gatk4 1-gatk最佳实践没有说的部分 比如开放平台的测序数据获取。如fastq-dump 与prefetch,亦或是ascp 等。还有一个好用的工...
(base):~$ conda config --add channels ${site}/pkgs/free/ (base):~$ conda config --add channels ${site}/pkgs/main/ (base):~$ conda config --add channels ${site}/cloud/conda-forge/ (base):~$ conda config --add channels ${site}/pkgs/r/ (base):~$ conda config --add channels...
下载完成后,解压文件。 第二步:创建conda环境 🌐 接下来,创建一个新的conda环境。打开终端,输入以下命令:conda env create -f gatkcondaenv.yml这会创建一个名为gatk的conda环境。创建完成后,激活这个环境:source activate gatk 第三步:配置Java环境 🌐 这一步是关键!GATK需要Java环境,特别是OpenJDK 17以上版...
conda install-c bioconda samtools 运行PathSeq pipeline 官方运行命令示例: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 gatk PathSeqPipelineSpark \--input test_sample.bam \ #输入样本的bam--filter-bwa-image hg19mini.fasta.img \ #人类参考基因组的BWA索引镜像--kmer-file hg19mini.hss \ #根据...
#创建gatk3.8环境并安装gatk3.8(因为我装了gatk4,所以给gatk3.8创建新环境,也可以不用创建环境直接安装) $ conda create -n gatk3.8 gatk Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /home/riceUsers/fyx/miniconda2/envs/ga...
conda install bwa-mem2 conda install samtools bwa-mem2和samtools用于双端序列比对回基因组,需要单独下载这两个软件,后面再说。 安装完成之后可以通过gatk --help查看是否正常。 2. 流程详解 流程内容主要参考官网Best Practices Workflows的文章。 GATK工具的变异注释主要包括3个部分:数据预处理(Data Pre-processing...
conda install-c bioconda gatk-y# 使用GATK工具的CreateSequenceDictionary命令创建fasta文件的字典文件gatk CreateSequenceDictionary \-R/media/desk16/iyun003/download/ninanjie_data/GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna \-O/media/desk16/iyun003/GBS_test/ERR_SRA/tair_gatk_index/tair_gatk.dict ...
如果你不能使用Docker,请使用GATK团队提供的Conda环境来管理依赖,如Github库中README (https://github.com/broadinstitute/gatk/blob/master/README.md)描述的那样。你还需要Python 2.6或更高版本来运行gatk包装器脚本(如下所述)。 如果在Java版本需求方面遇到困难,请参阅此文寻求帮助:https://gatk.broadinstitute....
参考GATK-4.2.1.0的下载安装和conda的使用 - 简书 (jianshu.com) 查看最新版本,并复制最新下载链接,合理替换下述代码中相应版本信息。 下载网址:https://github.com/broadinstitute/gatk/releases wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.5.0.0/gatk-4.5.0.0.zip #下载安装包 unzip gatk...